VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
问如何在VMD上绘制多个pbc盒子？EN在上一篇博客 【OpenGL】十、OpenGL 绘制点 ( 初始化 OpenGL 矩阵 |...
以下是VMD PBC的一些常见用法: 1.载入模拟数据:使用VMD的命令行界面或者可视化界面,打开模拟数据文件。确保数据文件中包含周期性边界条件信息。 2.设置周期性边界条件:在VMD中,可以使用"PBC box"工具栏图标或者命令行命令,设置模拟系统的周期性边界条件。这些边界条件可以是三维的,也可以是二维的。 3.可视化周期性边...
VMD画球 | 1.调背景颜色(默认黑色,一般调成白色):Graphics-Colors-Display-Background-8white,即可完成2.展示盒子pbc box -color black -width 2 -style dashed。盒子类型见图33.画球。在命令窗口依次输入:draw color red;红色球draw material Opaque;不透明graphics top sphere {x y z} radius r resolution...
pbc set {a b c} -all pbc box pbc wrap -all 复制代码 其中 pbc set {a b c alpha beta ...
* molputs the center of mass of molecules in the box, and requires a run input file to be supplied with -s. 实践表明,当蛋白/DNA等只有一条链的时候,直接用-pbc mol处理轨迹,蛋白/DNA将被放置在盒子中间。但是当是二聚体时,mol选项不起作用,因为质心在中心有两种情况:分子本身在盒子中心;和两个单...
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