VMD(2) 包括pbc box操作的功能,各个常见参数及使用举例。如生成周期性盒子,改变盒子中心的位置坐标,改变盒子的颜色,边线宽度,模拟盒子的大小等。, 视频播放量 3494、弹幕量 3、点赞数 49、投硬币枚数 24、收藏人数 101、转发人数 13, 视频作者 黃剛, 作者简介 穿越边界
本文介绍了VMD软件的一些使用教程,之后不定时更新。 1、显示模拟盒子 # 设置周期性盒子参数pbc set {length_x length_y length_z angle_xy angle_xz angle_yz} -all # 盒子默认起点为{0 0 0} # 显示盒子,并设置盒子颜色,粗细 pbc box -color black -width 2 # 将盒子移动到模拟体系 pbc wrap -all ...
VMD画球 | 1.调背景颜色(默认黑色,一般调成白色):Graphics-Colors-Display-Background-8white,即可完成2.展示盒子pbc box -color black -width 2 -style dashed。盒子类型见图33.画球。在命令窗口依次输入:draw color red;红色球draw material Opaque;不透明graphics top sphere {x y z} radius r resolution...
1. 在终端输入如下两行命令: vmd > set cell [pbc set {31.0 15.64 15.64} -all] (注:上面的数值的单位为Angstrom.) vmd > pbc box -center origin -color black -width 1 vmd > pbc box -on vmd > pbc wrap -all (OR: vmd > pbc wrap -center unitcell -compound resid -all) ...
以下是VMD PBC的一些常见用法: 1.载入模拟数据:使用VMD的命令行界面或者可视化界面,打开模拟数据文件。确保数据文件中包含周期性边界条件信息。 2.设置周期性边界条件:在VMD中,可以使用"PBC box"工具栏图标或者命令行命令,设置模拟系统的周期性边界条件。这些边界条件可以是三维的,也可以是二维的。 3.可视化周期性边...
请教下各位老师，vmd中怎么让所有原子处在盒子的中央，我使用了这个命令后pbc box -center origin -...
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用`set cell`命令来定义盒子的尺寸,并使用`pbc box`命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在...
VMDNAMD命令规则(转载) 摘要:输出体系的整个带电量:measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件:pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量:measure sumweights阅读全文 posted @2019-05-05 22:35一棵开花的树sysu阅读(2945)评论(0...
在VMD中,可以使用命令来设置模拟盒子的尺寸和边界条件。例如,使用set cell命令来定义盒子的尺寸,并使用pbc box命令来设置周期性边界条件。这些命令可以在VMD的控制台中输入或在脚本文件中编写。 三、加载乙醇分子到模拟盒子 将乙醇分子加载到模拟盒子中,通常需要将乙醇分子的结构文件加载到VMD中,并将其放置在模拟盒子...
我输入pbc box后刷屏 -error Suspicious pbc side length (a=0.000000 b=0.000000 c=0.000000). ...