PDB基於1TUP的渲染:P53與DNA結合[1] 有效結構 PDB 直系同源檢索:PDBe, RCSB PDB查詢代碼列表 1A1U、 1AIE、 1C26、 1DT7、 1GZH、 1H26、 1HS5、 1JSP、 1KZY、 1MA3、 1OLG、 1OLH、 1PES、 1PET、 1SAE、 1SAF、 1SAK、 1SAL、 1TSR、 1TUP、 1UOL、 1XQH、 1YC5、 1YCQ、 1YC...
2.10分子对接 利用RCSB PBD(https://www.rcsb.org/)数据库,检索到Homo sapiens的Skp2晶体结构,选择Skp2(PDB 2C9W)蛋白作为分子对接的晶体结构。利用Maestro软件的Protein Preparation模块对Skp2蛋白晶体结构进行预处理,残基修复、结构校...
P53肿瘤抑制蛋白 英文标题：p53 Tumor Suppressor 作者：David Goodsell 原著日期：2002-07 译者：李玉明（上海兽医研究所）翻译日期：2014-10-10 原文链接：10.2210/rcsb_pdb/mom_2002_7 关键词：肿瘤抑制蛋白、癌症、转录调节、转录因子、致癌作用 细胞的守护者 我们的细胞会面对许多危险，比如，化学药品，病毒和...
A recent apo-16E6 structure was deposited to the PDB which has an elongated and distorted alpha-helical linker between the N- and C-terminal lobes; however, the publication describing this structure is yet to be released (PDB ID no 7UAJ). The E6AP LXXLL peptide occupies and stabilizes the...
图2 hit的优化过程及2和HDM2蛋白的共晶 (PDB 7NA1) 通过高通量筛选得到化合物1,这是一个分子量低、带嘌呤骨架的小分子化合物,对hit的优化集中在嘌呤母核的C6、N7和C8上,环己亚甲基替换为对氯苄基、间苯基改为苯并噻吩、NH的α位碳引入手性甲基;最终活性...
右上图显示了pymol生成的p53-dna复合物的三维结构(pdb号:1tup)。mp53结合dna的功能的氨基酸用灰色实心小球展示(r248和r273),mp53维持p53结构的功能的氨基酸用黑色实心小球展示(r175,g245,r249和r282)。c###展示了10个p53半胱氨酸,包括4对半胱氨酸:c176/c182,c238/c242,c135/c141和c275/c277,以及panda...
通过蛋白质结构叠加后从与sah-p53-8结合的mdm2的晶体结构(pdb3v3b)提取来将装订肽sah-p53-8建模在其上。类似地,使用pymol将苯丙氨酸连接到装订肽的c-末端以产生ys-03肽(tsfx8eywalls5enf;seqidno:3),使得与近端pro27位点的苯密度最佳重叠。使用tleap模块由ys-03建模类似ys-04肽(tsfx8eywalls5eny;seqid...
Prediction of nsSNPs in the core domain of p53 (PDB: 1TSR) by BongoTammy, M. K. Cheng
a Crystal structure of the oligomerization domains of two p53α proteins (left panel), orientated anti-parallel for dimer formation (PDB 1SAE). Composite model of one p53α oligomerization domain and the predicted structure of the C-terminal domains of p53β (middle panel) and p53β-stop-lost...
In the crystal structures of the human p53 core DNA-binding domain (PDB IDs 1TSR33, 2OCJ34), Cys124 is partially occluded and the putative L1/S3 reactivation pocket is not readily accessible to small molecules much larger than water. This occlusion in the crystal structure might seem to pre...