01 肺癌scRNA-seq分析揭示了EGFR 19del和L858R肺腺癌靶向治疗和免疫治疗效果的潜在机制[1] 大量临床研究表明,与L858R突变NSCLC患者相比,19del NSCLC患者在吉非替尼或厄洛替尼治疗中获得了更高的缓解率和更长的无进展生存期(PFS)。另外...
然而,EGFR 突变的 NSCLC 伴 LM 的免疫微环境及奥希替尼耐药后 LM 机制仍不清楚。为了全面了解 EGFR 突变 NSCLC LM 中的免疫细胞景观,并研究奥希替尼的潜在耐药机制,本研究相应地对脑脊液(CSF)进行了单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)。...
在NSCLC 的肿瘤微环境中,分泌磷蛋白 1 阳性(SPP1 +)巨噬细胞与 COL11A1 + CAFs 之间存在着一种紧密的正相关关系,它们就像一对狼狈为奸的 “搭档”,共同为肿瘤细胞的免疫逃逸保驾护航。scRNA - seq 数据清晰地显示,两者的丰度呈显著正相关,且在无应答者中,SPP1 + 巨噬细胞在治疗前后的比例均显著高于应答...
肿瘤微环境(TME)包括各种免疫细胞和基质细胞,它们促进肿瘤生长和免疫逃逸。鉴于TME中细胞类型的多样性,开创性研究已使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来识别与免疫治疗耐药性相关的特征。最近一项关于接受新辅助程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)阻断后NSCLC的研究发现,组织驻留T细胞在肺癌TME中大量存在,但功能减弱。另一项研究发现...
通过对 scRNA - seq 数据的深度挖掘和精细分析,研究人员如同技艺精湛的工匠,将癌细胞巧妙地分为 14 个独特的子集,并运用基因集富集分析这一有力工具进行精准注释。研究发现,肿瘤细胞状态呈现出令人惊叹的异质性,宛如一个复杂多变的生态系统。这些状态可清晰地分为两大阵营:其中一组紧密关联着干扰素(IFN)、肺泡、雌...
meta<-read_excel("GSE207422_RAW/GSE207422_NSCLC_scRNAseq_metadata.xlsx")sce.all=CreateSeuratObject(counts=ct1,min.cells=5,min.features=500)as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10,1:2])head(sce.all@meta.data,10)table(sce.all@meta.data$orig.ident)s=colnames(sce.all)s1=substr(s...
利用 R 语言和相关软件包,对数据进行分析,比如用 Seurat 包处理 scRNA - seq 数据,进行细胞聚类和差异基因分析;用“ConsensusClusterPlus” 工具基于 LR 基因表达模式对 NSCLC 进行分子亚型分类;还用 LASSO - Cox 回归分析构建 LRrisk 模型。此外,通过细胞实验(如细胞转染、功能实验)和动物实验(构建裸鼠皮下移植...
随后,研究又对1例患者的配对样本进行单细胞测序(scRNA-seq),共鉴定T/NK细胞5092个,对其进行重新聚类得到8个群集(图5B)。与mIHC结果类似,研究同样观察到原发灶中参与免疫杀伤的Effector CD8 + T细胞和Effector memory Treg CD8 + T细胞更多。而肝转移灶中调节型和抑制性如Helper CD4 + T细胞和Regulatory CD4+ ...
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CTC的高通量测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等研究也有助于将来CTC组学研究扩展到NSCLC的免疫治疗反应。总的来说，CTC计数可能是ICI治疗过程中最有前途的生物标志物。然而，在CTC转化为临床之前，需要解决技术问题和有争议的研究结果。外泌体与NSCLC免疫治疗 外泌体是细胞外囊泡最常见的亚型，积极参与癌症的发展、...