NR数据库是指非冗余数据库(Non-redundant Database),它主要用于生物信息学和基因组学研究。NR数据库的核心特点是:去除冗余、提供高质量的非冗余数据、提高数据检索效率、支持多种生物信息学分析。去除冗余是NR数据库最显著的特点,通过删除重复的序列信息,确保数据的唯一性和准确性。这不仅减少了数据存储的空间,还提高...
数据库NR是指非冗余(Non-Redundant)数据库。非冗余数据库是指消除了重复数据的数据库,提高了数据存储效率、减少了数据冗余、降低了数据维护成本。一个非冗余数据库通过规范化(Normalization)过程来组织数据,确保每一份数据只存储一次。数据冗余的减少不仅提高了数据库的查询效率,还降低了数据一致性问题的风险。通过规范...
NCBI的nr数据库是指"非冗余蛋白质数据库"(Non-redundant protein database),它是国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护的一个重要的生物信息资源。nr数据库是一个包含了已知蛋白质序列的集合,这些蛋白质来自各种不同的物种,包括动物、植物、微生物等。 2. nr数据库的作用是什...
Nr数据库,全称为Non-RedundantProtein Sequence Database,即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库。 (1)数据库下载 个人将下载方式分为图形界面下载和命令行方式下载。 需要使用的软件安装: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制Cloud Studio 代码运行 # blast wget ht...
NR库相当于一个以核酸序列为基础的交叉索引,将核酸数据和蛋白数据联系起来。NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库,是NR库的子集。 NR和NT库都可以通过NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国立生物技术信息中心)进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接...
NT(Nucleotide Sequence Database),核酸序列数据库，是NR库的子集。NR和NT库都可以通过NCBI（National ...
nr数据库 序列格式"NR" 通常指的是 "Narrative Response" 或者其他与某种特定的上下文或数据模型有关的术语。然而,你提到的“序列格式”可能是指在数据库中存储序列数据(例如时间序列、数值序列等)的格式或方法。 在数据库中存储序列数据,通常需要考虑以下方面: 1.数据类型:选择合适的数据类型来存储序列数据。例如,...
科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 1001、弹幕量 0、点赞数 11、投硬币枚数 2、收藏人数 27、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.c
使用blastp检索蛋白的相似性结果,NR数据库不能直接显示蛋白质在基因组中的存在情况。不能追溯蛋白质的物种来源。因此可以检索Identical Protein Group数据库查看蛋白在基因组上的存在情况。 blastp against NR 数据库: Identical Protein Groups 页面: 可以根据Identical Protein Groups 的信息分析蛋白在基因组上的存在情...
对于这个需求,nr 库里包含了这些信息,所以比较简单,直接blast 比对,在输出结果中输出这个信息就可以了 2) 物种注释:输出蛋白对应的物种信息 在序列中有明确的 species 水平的注释,但是我们还需要phylum 等水平的注释,这时候就需要借助Taxonomy 数据库,把物种注释信息补充完整。