nr数据库比对结果解释 NR数据库是一个包含已知蛋白质序列的数据库,用于蛋白质序列的比对和注释。当我们对一个新的蛋白质序列进行比对时,比对结果通常包括匹配的已知蛋白质序列的信息以及一些其他相关信息。 首先,比对结果会告诉我们新的蛋白质序列与NR数据库中已知蛋白质序列的相似性程度。这可以通过比对得分和相似性...
在分析蛋白质同源相似性时，NR数据库的比对结果显示了蛋白质的序列相似性，但并不直接提供蛋白质在基因组中的具体位置或其物种来源。为了深入了解这些信息，我们建议利用Identical Protein Groups数据库。这个数据库能提供蛋白质在基因组上的分布模式和位置。在进行blastp搜索之后，应转向Identical Protein Grou...
追溯NR数据库比对结果在assembly里的存在情况 使用blastp检索蛋白的相似性结果,NR数据库不能直接显示蛋白质在基因组中的存在情况。不能追溯蛋白质的物种来源。因此可以检索Identical Protein Group数据库查看蛋白在基因组上的存在情况。 blastp against NR 数据库: Identical Protein Groups 页面: 可以根据Identical Protei...
nt为核酸数据库,nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz[root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz b、解压 [root@PC1 test02]#gunzip nr.gz[root@PC1 test02]#gun...
将Nr数据库(版本20190405)的真核子集创建成DIAMOND数据库,数据库包含37.4M条蛋白序列,服务器是24线程2.0GHz的CPU资源,耗时17min。 将Illumina测序数据比对到数据库: $ diamond blastx --db nr_eukaryon_20190405 --query reads.fq.gz --out reads.tab ...