NR数据库是指非冗余数据库(Non-redundant Database),它主要用于生物信息学和基因组学研究。NR数据库的核心特点是:去除冗余、提供高质量的非冗余数据、提高数据检索效率、支持多种生物信息学分析。去除冗余是NR数据库最显著的特点,通过删除重复的序列信息,确保数据的唯一性和准确性。这不仅减少了数据存储的空间,还提高...
数据库NR是指非冗余(Non-Redundant)数据库。非冗余数据库是指消除了重复数据的数据库,提高了数据存储效率、减少了数据冗余、降低了数据维护成本。一个非冗余数据库通过规范化(Normalization)过程来组织数据,确保每一份数据只存储一次。数据冗余的减少不仅提高了数据库的查询效率,还降低了数据一致性问题的风险。通过规范...
非冗余数据库(Non-Redundant Database,NR)是指一个数据库结构,其中不包括任何重复或多余的数据。本文将介绍1、非冗余数据库的定义,通过消除数据重复来优化存储和性能;2、非冗余数据库的优点,例如提高数据完整性和减小存储需求;3、非冗余数据库的缺点,如可能增加查询复杂性。其中提高数据完整性是非冗余数据库的重要优...
科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 373、弹幕量 0、点赞数 9、投硬币枚数 0、收藏人数 17、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.com
——三种NCBI常见数据库 在微生物测序分析中,常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多,其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索,也就是序列比对。因此,数据库的优劣对注释结果至关重要。本期小编为大家带来的是NCBI上的三个重要的数据库—NR/NT,Taxonomy和RefSeq。
NR数据库匹配序列多的原因主要有以下几点:高覆盖度、多样性、不断更新、对多个物种的包含、数据冗余。NR数据库,即非冗余数据库,包含了来自多个来源的蛋白质序列数据,使得匹配的可能性增加。该数据库不仅涵盖了大量不同物种的序列,还不断进行更新和优化,确保了高覆盖度和多样性。例如,NR数据库中的序列来源包括NCBI...
NR数据库网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/ NT数据库网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ GO数据库网址: http://www.geneontology.org KEGG数据库网址: http://www.genome.jp/kegg/ KOG数据库网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/ ...
(一)NR数据库下载:Index of /blast/db/FASTA#ascp使用见NCBI数据下载工具:aspera的安装与使用 - 简书 ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ #下载 ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm...
01非冗余蛋白质序列数据库(Non-Redundant Protein Sequence Database, NR)注释NR数据库是美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)维护的一个用于存储和提供蛋白质序列信息的数据库。它包括了GenBank基因的蛋白编码序列,PDB(Protein Data Bank)蛋白数据库、SwissProt蛋白序列以及...
Nr数据库,全称为Non-RedundantProtein Sequence Database,即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库...# 检查下载的数据库是否完整 for i in {00..55};do md5sum -c nr...