NR数据库是指非冗余数据库(Non-redundant Database),它主要用于生物信息学和基因组学研究。NR数据库的核心特点是:去除冗余、提供高质量的非冗余数据、提高数据检索效率、支持多种生物信息学分析。去除冗余是NR数据库最显著的特点,通过删除重复的序列信息,确保数据的唯一性和准确性。这不仅减少了数据存储的空间,还提高...
数据库NR是指非冗余(Non-Redundant)数据库。非冗余数据库是指消除了重复数据的数据库,提高了数据存储效率、减少了数据冗余、降低了数据维护成本。一个非冗余数据库通过规范化(Normalization)过程来组织数据,确保每一份数据只存储一次。数据冗余的减少不仅提高了数据库的查询效率,还降低了数据一致性问题的风险。通过规范...
非冗余数据库(Non-Redundant Database,NR)是指一个数据库结构,其中不包括任何重复或多余的数据。本文将介绍1、非冗余数据库的定义,通过消除数据重复来优化存储和性能;2、非冗余数据库的优点,例如提高数据完整性和减小存储需求;3、非冗余数据库的缺点,如可能增加查询复杂性。其中提高数据完整性是非冗余数据库的重要优...
(一)NR数据库下载:Index of /blast/db/FASTA#ascp使用见NCBI数据下载工具:aspera的安装与使用 - 简书 ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./ #下载 ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm....
NCBI的NR数据库是一种非冗余蛋白质序列数据库,由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护、包含了所有已知物种的蛋白质序列、去除了完全相同的蛋白质序列,只保留一份、适用于大规模基因组或蛋白质组的注释和分析。这种数据库的主要特点是能够大幅减少冗余信息,提高数据处理效率。
NR数据库简介 NR数据库简介 ⽬前有很多的数据库都存储了蛋⽩序列，⽐如NCBI Refseq, protein, swissprot 等，在各个数据库之间，或者是在某个数据库中，蛋⽩序列有⼤量冗余；为了⽅便使⽤，ncbi 构建 了nr 库，全称是 RefSeq non-redundant proteins；Non-redundant protein sequences from GenPept, ...
科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 506、弹幕量 0、点赞数 9、投硬币枚数 0、收藏人数 18、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.com
那么nr数据库到底算是核酸还是蛋白的数据库呢? image.png 从blast官网给出的上面的截图可以看出,nr既在蛋白也在核酸数据中有。因为对于所有已知的或可能的编码序列,nr中的记录都给出了相应的氨基酸序列(通过已知或可能的读码框推断而来),对于很多还给出了在专门蛋白数据库中的序列号。而PDB + SwissProt + PIR +...
1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。NR...
1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋...