科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 765、弹幕量 0、点赞数 11、投硬币枚数 2、收藏人数 24、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.co
NR数据库注释是指对NR数据库中的基因序列进行功能注释和特征预测的过程。NR数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information,国家生物技术信息中心)维护的一个非冗余的蛋白质序列数据库,其中包含了来自不同物种的已知蛋白质序列。注释是将这些蛋白质序列与已知功能的蛋白质进行比对和分析,从而预测其功能和特征。
01非冗余蛋白质序列数据库(Non-Redundant Protein Sequence Database, NR)注释NR数据库是美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）维护的一个用于存储和提供蛋白质序列信息的数据库。它包括了GenBank基因的蛋白编码序列，PDB（Protein Data Bank）蛋白数据库、SwissProt蛋白序列以及来...
在注释NR数据库中的序列时,系统往往会根据已知的分类学信息来确定物种和属的信息,以便更好地组织序列数据。但是,由于NR数据库是由不同来源的序列组成的,注释过程中可能会出现一些错误或缺失的物种信息,尤其是对于新发现的生物种类。因此在使用NR数据库进行分析时,需要对注释结果进行验证和修正。 00分享举报您可能感兴...
NR数据库作为NCBI主要数据库之一，库容较大，能注释到较多的基因，但注释到的基因中未验证的信息也较多...
因此我们需要下载并搭建一些常用蛋白数据库,然后通过一系列比对分析来对一些新的基因进行注释。 二、数据库下载 1. Nr/Nt数据库: wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 具体拆分(按NCBI种类划分进行拆分,可以有效提高...
NR数据库是一个包含已知蛋白质序列的数据库,用于蛋白质序列的比对和注释。当我们对一个新的蛋白质序列进行比对时,比对结果通常包括匹配的已知蛋白质序列的信息以及一些其他相关信息。 首先,比对结果会告诉我们新的蛋白质序列与NR数据库中已知蛋白质序列的相似性程度。这可以通过比对得分和相似性百分比来衡量。比对得分越...
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在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。为实现这一点，需要构建和下载各种蛋白数据库，如Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String等。KEGG，...
CDS sequences with SSR were aligned against NCBI non-redundant (nr) and SWISS-PROT protein ...