科研必备:全面解析NR、Swissport、GO及KEGG功能基因注释数据库, 视频播放量 506、弹幕量 0、点赞数 9、投硬币枚数 0、收藏人数 18、转发人数 0, 视频作者 百迈客生物, 作者简介 关注我们,带你了解更多生物基因信息知识!——基因科技,改变世界!官网:www.biomarker.com
NR数据库注释是指对NR数据库中的基因序列进行功能注释和特征预测的过程。NR数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information,国家生物技术信息中心)维护的一个非冗余的蛋白质序列数据库,其中包含了来自不同物种的已知蛋白质序列。注释是将这些蛋白质序列与已知功能的蛋白质进行比对和分析,从而预测其功能和特征。
在注释NR数据库中的序列时,系统往往会根据已知的分类学信息来确定物种和属的信息,以便更好地组织序列数据。但是,由于NR数据库是由不同来源的序列组成的,注释过程中可能会出现一些错误或缺失的物种信息,尤其是对于新发现的生物种类。因此在使用NR数据库进行分析时,需要对注释结果进行验证和修正。 00分享举报您可能感兴...
NR数据库是一个包含已知蛋白质序列的数据库,用于蛋白质序列的比对和注释。当我们对一个新的蛋白质序列进行比对时,比对结果通常包括匹配的已知蛋白质序列的信息以及一些其他相关信息。 首先,比对结果会告诉我们新的蛋白质序列与NR数据库中已知蛋白质序列的相似性程度。这可以通过比对得分和相似性百分比来衡量。比对得分越...
BLAST比对结果通常包括与查询序列最佳匹配的序列,以及相关的注释信息。 NR注释通常包括以下内容: 1.物种信息:与查询序列最佳匹配的序列属于哪个物种。这有助于确定查询序列在生物分类上的位置。 2.相似性信息:查询序列与NR数据库中的序列之间的相似性程度。BLAST使用E值(Expected value)来量化相似性,E值越小,说明...
使用diamond (https://github.com/bbuchfink/diamond) [1] 软件的blastp命令将unigenes的蛋白序列比对到NR库，E值1e-5，挑选得分最高的hit作为最终注释结果。使用方法如下：NR数据库序列地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/可使用wget 命令下载：wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/...
但注释到的基因中未验证的信息也较多，且很多基因功能描述模糊，所以，结合其他数据库注释结果综合考量更...
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Swiss-Prot:高质量的、手工注释的、非冗余的数据集;主要来自文献中的研究成果和 E-value 校验过计算分析结果。有质量保证的数据才被加入该数据库;TrEMBL:该数据集包含高质量的计算分析结果,一般都在自动注释中富集,主要应对基因组项目获得的大量数据流以及人工校验在时间上和人力上的不足。注释所有可用的蛋白序列。
如题,现在注释结果已经出来,其中Subject Seq-id(也就是比对到的nr数据库中的gi)放进一个txt文件中,如图1。 这时候,我想根据这个txt,把nr数据库(如图2)中,这些gi所代表的基因的名称一起找出来,一对一输入一个excel中。 如图2中gi|67472372|sp|P0A7T7.2|RS18_ECOLI是nr水库中的,它在txt中,想找出它后的...