NCBI的NR数据库是一种非冗余蛋白质序列数据库,由美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护、包含了所有已知物种的蛋白质序列、去除了完全相同的蛋白质序列,只保留一份、适用于大规模基因组或蛋白质组的注释和分析。这种数据库的主要特点是能够大幅减少冗余信息,提高数据处理效率。 要深入理解NR数据库,首先需要了解它的来源...
也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将数据直接下载下来,需要注意的是,NR和NT库是被切分为以数字命名的子数据库上传的(如下图所示),将所有的子数据库放到同一个目录下,解压缩后构建索引文件即可。
(1)prot.accession2taxid.FULL.gz数据库:ftp.ncbi.nih.gov/pub/ta (2)pre-formated blastdb,提前建好索引的nr数据库(所有nr.*.tar.gz的文件,下载后解压缩即可):ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 四、需要的软件: (1)用于nr数据库下载的下载软件aspera(不推介用wget的方式下载,笔者有试过下载了20多个文件,显示...
网络连接不稳定：学校的网络可能存在不稳定的情况，导致下载过程中断。您可以尝试使用其他网络环境，例如家...
一、NCBI的nr数据库数下载总是中断的原因 1、网络连接问题 下载过程中,如果你的网络连接不稳定或遇到中断,下载可能会中断。这可能是由于网络问题、服务器问题或中间设备故障等原因造成的。尝试在网络连接较好的环境下进行下载,或者检查网络连接是否正常。
一、NCBI的nr数据库数下载总是中断的原因 1、网络连接问题 下载过程中,如果你的网络连接不稳定或遇到中断,下载可能会中断。这可能是由于网络问题、服务器问题或中间设备故障等原因造成的。尝试在网络连接较好的环境下进行下载,或者检查网络连接是否正常。 2、下载限制和防火墙 有些网络环境可能设置了下载限制或防...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl --showall 该命令会显示所有可供下载的blast数据库,请自行选择: 16SMicrobial ...
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。
【ncbi nt和nr数据库】内容共 100 条NCBI SRA数据分析ncbi的sra数据库代码探险家 447 天前 简介SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中...