5.根据accession号,从nr.fa.gz中提取特定物种的蛋白质序列(这一步我有试过直接从下载的nr数据库,输入acc.txt文件去提取,但是结果为空,不知道什么原因,数据格式也是对的,所以只能用这个笨方法) #补充一下_unfold_blastdb_fa.sh的代码为: #!/bin/sh perl -e 'BEGIN{ $/ = "\n>"; <>; } while(<...
2 库文件下载 如果用wget -i nrftplist下载,程序会按次序一个一个下,太费时间。所以我按照文件大小把nrftplist拆成了6个子文件,每个子文件总下载量差不多 wget-b-c-I nrftplist_1 wget-b-c-I nrftplist_2 wget-b-c-I nrftplist_3 wget-b-c-I nrftplist_4 wget-b-c-I nrftplist_5 wget-b-c-...
截止发稿日为止该数据库所包含的物种数目统计表如下: 表1 Taxnomoy数据库物种数目统计表 下载文件: https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy 下载gi_taxid.nucl.dmp.gz(NT记录ID号与taxid对应关系),gi_taxid.prot.dmp.gz(NR记录ID号与taxid对应关系)和taxdump.tar.gz三个文件; names.dmp names.dmp文件共...
-s:选择数据库(genbank,refseq),默认refseq数据库; -F:下载基因组的格式,支持多种格式同时下载,逗号隔开,默认是genbank格式; -l:序列组装程度,支持多种格式同时下载,逗号隔开; -g:下载序列的属; -S:下载的的物种名称,用逗号隔开,支持文本输入(每行一个菌种名称); -o:保存结果的文件夹/文件名称; -r:失败...
我们比对一般用的是NCBI的非冗余蛋白/核酸数据库,有两种方法下载nr/nt数据库: 1.通过blast+工具自带的更新程序下载 2.通过aspera工具下载 同样是网速的问题,如果用第一种方法下载,我们可以在~/blast/bin目录下找到如下的perl程序 直接运行命令perl update_blastdb.pl nt ...
选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的,如Job Title就是这次比对的名字,随便起一个即可;Organism为物种,可以填入你想比对的物种(分类单元如green plant等)的名字(拉丁名字,输入几个字母后会出现...
选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的,如Job Title就是这次比对的名字,随便起一个即可;Organism为物种,可以填入你想比对的物种(分类单元如green plant等)的名字(拉丁名字,输入几个字母后会出现...
NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一,集成了pubmed,genebank等子 原创 224 阅读 点赞 评论 【数据库】本地NR数据库如何按物种拆分? 生物信息与育种 861 天前 1.准备本地数据库文件NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数...
选择相应的物种做BLAST即可! 2,粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字,不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的,如Job Tit...
这种通过计算机运算,即基于比较序列相似性或PubMed中摘要的相似性,所给出的相关链接信息可以以最快的速度提供给用户大量的相关信息。还有一种叫做“LinkOut”的功能将这种链接功能扩展到了与外部数据库,例如各物种基因组数据库之间的链接。Entrez中搜索到的数据可以以多种...