下载地址:01. Downloading SRA Toolkit 我直接右键Ubuntu那个,然后复制链接,https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz,在终端中wget下载到我想安装的位置 如何安装 ## 下载解压 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubun...
1.下载 我下载的是3.0.7版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz #wget下载太慢了,我直接下载到本地然后传输的 tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-...
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
ftp的host名字,NCBI为ftp-private.nabi.nlm.nih.gov;EBI为fasp.sra.ebi.ac.uk --user=string 选择模式,上传为send,下载为recv 1.3 SRA Toolkit下载数据 NCBI中公认的数据下载工具 1.3.1 安装sratoolkit软件 SRAToolkit 下载网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ## Centos ...
下载之后使用tar命令解压后就可以直接使用 tar zvxf sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 3. 测试安装是否成功 #输入软件所在位置并输入 -h~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump-h 若显示如下图则可以使用了 image.png 也可以用conda快捷安装 ...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) ...
目前,在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式: 利用Aspera工具下载。 利用SRA Toolkit下载。 利用wget命令直接下载。 小编的个人经验:第一种Aspera工具在批量下载时偶尔会出错。第二种SRA Toolkit的prefetch命令下载,只能将数据下载到home目录下。关于前两种方法网上有很多详细的介绍,感兴趣的朋友们可以自行搜索,我们今天主要...
sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch --option-file sra.txt 方法二:迅雷下载 迅雷下载的方法我们之前介绍过,此方法可参考 更快更稳地下载NCBI里的测序数据 ,这里我就不赘述了。 方法三:wget下载 前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据,小编通常用的也是第二种方法,但是偶尔也会遇到一些特殊的数据是下载...