wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz -C ./ mv sratoolkit.3.0.7-ubuntu64 sratoolkit ## 加到path中方便使用命令 echo "export PATH=$HOME/[your_path]/sratoolkit/bin:$PATH" >> ~/.bashrc...
1.3 SRA Toolkit下载数据 NCBI中公认的数据下载工具 1.3.1 安装sratoolkit软件 SRAToolkit 下载网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software ## Centos 系统 https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz ## Ubuntu 系统 https:...
一个SRA study 所包含的内容, 应该在一个 LSBI 的项目中提交。 即 SRA study 和 LSBI项目为 1 对 1 关系。 一个 study 的内容可以在一个项目下, 分成几个批次提交, 每次提交不同的内容。 一个批次的 SRA 数据, 包括一个.info 文件和一个名为 DATA, 装有提交原始文件的子文件夹。 子文件夹中内容为...
主机:NCBI给你的FTP链接,账号:sra密码:NCBI给端口:FTP数据传输默认为21。 登录:登录后只需要在右边右键创建一个文件并命名,然后在左边你的电脑上找到你要上传的的文件,从左边拖到右边文件夹里就OK了,接下来就等吧。 上传完成、检查状态 登陆SRA提交页面,打开本次的Submission,可查看每一条SRA记录的状态。请您仔...
要下载NCBI上的SRA数据，可以按照以下步骤进行：1. 安装SRA toolkit Linux、MacOS X和Windows系统均支持SRA toolkit的安装。 安装完成后，在Linux环境下，可以通过检查/home/user/path/sratoolkit.x.x.xubuntu64/bin/prefetch是否存在来验证安装是否成功。2. 使用prefetch工具下载数据 命令格式：prefetch [...
一、Windows系统 (1) 下载SRA ToolKit工具 访问NCBI官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，选择“...
下载安装SRA Toolkit: https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 下载二进制(binaries)版本,下载下来即可使用,不需要编译安装。 解压后加入环境变量。 使用prefect 下载数据: 方法一: 直接指定Run编号进行下载,如:SRR1482462 代码语言:javascript ...
下载好的数据是sra压缩格式,这个格式是ncbi特有的一种格式,需要将此格式的文件转换成fastq文件的格式 sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software ...
NCBI的Sequence Read Archive (SRA) 数据库，主要存储高通量测序产生的短读数据，由INSDC成员维护。过去可通过wget、curl等工具下载，但现在推荐使用SRA toolkit的prefetch工具，以确保完整获取主文件和相关附件。由于SRA数据存储在云服务上，wget、curl可能无法直接访问。SRA数据结构如下：项目（PRJ/ERP/DRP）...
方法一:SRA Tookit下载 SRA Tookit 是NCBI 提供的下载软件,我们需要下载安装,下载地址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software。 选择需要的SRA Tookit 版本进行下载,下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据,例如,我们要下载SRP108428(阅读文献可以找到公开数据的project号)下...