比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里边是SRR26864896.sra,大小173M ./SRAToolkit
1. 数据下载页面 由上面的下载网站链接,导向到下图的页面,该页面即为数据下载页面。 2. 第一步选择要搜索的数据类型(必须选) 比如我选择了LRO NAC的数据 3. 额外的筛选条件 比如说设定影像所覆盖的区域, 经度范围:(17...GIS免费数据下载 DIVA-GIS 网址:http://www.diva-gis.org/Data (需翻墙 操作 ...
经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载: 一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件,这个时候就只能下载SRA文件,然后用sratoolkit中的fastq-dump进行...
访问NCBI官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),选择“Download”按钮跳转NCBI官网下载中心,在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sd...
目前,在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式: 利用Aspera工具下载。 利用SRA Toolkit下载。 利用wget命令直接下载 第三种最为方便。其中的关键是得到下载数据的链接,即ftp的地址 进入NCBI网页后,按如下步骤操作: Step1.设置NCBI的分类为:SRA Step2.输入感
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
从NCBI中下载SRA数据的方法主要有以下几种：使用lftp工具：安装：可以通过conda进行安装。配置：在配置文件~/.lftp/rc中设置pget的线程数，以提高下载效率。下载：利用lftp命令行工具进行SRA数据的获取。使用Aspera工具：安装：访问Aspera官方网站进行下载和安装。优势：提供了更快的下载速度，尤其适用于大...
这两种都可以,只是下一步操作不同,第一种(GSE)直接点击最下面的SRA Run Selector GSE开头下一步 而第二种(SRA)的需要首先选择你想要下载的数据,然后点send to -> Run Selector -> Go SRA下一步 这样都会进入到同一个格式的界面 GSE GSE开头点击后 ...
从NCBI中下载SRA数据 今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。 只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR1770413.sralite.1## 下载该数据[root@PC1 ...
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 下载二进制(binaries)版本,下载下来即可使用,不需要编译安装。 解压后加入环境变量。 使用prefect 下载数据: 方法一: 直接指定Run编号进行下载,如:SRR1482462 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...