简介SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA数据
在 SRA 数据库中, 研究课题的检索号(accession number)以前缀 DRP, ERP 或S R P 开头。 (2)样本信息(sample)。样本的检索号以前缀 DRS, ERS 或 SRS开头。 样本信息可以包括物种信息、 菌株(品系)信息、 家系信息、 表型数据、 临床数据, 组织类型等。 (3)实验信息(experiment)。实验的检索号以前缀DRX, ...
NCBI SRA数据库包括以下数据库:SRA(Sequence Read Archive)、GEO(Gene Expression Omnibus)、dbGaP(Database of Genotypes and Phenotypes)、BioProject、BioSample。SRA是主要存储高通量测序数据的数据库,其中包含来自各种测序平台的原始序列数据,可以进行大规模的生物学研究。GEO主要用于存储基因表达和基因谱数据,可以帮助...
2、"SRA"指的是Sequence Read Archive,是NCBI的一个数据库,用于存储高通量测序数据,包括基因组测序、转录组测序等。研究人员可以将其测序数据上传至SRA,供全球科学界共享和访问。 ERP或SRP表示Studies,Studies是就实验目标而言的,一个study 可能包含多个Experiment。; SRS 表示Samples,Experiments包含了Sample、DNA sourc...
NCBI SRA数据库使用详解 1、简介 SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 根据SRA数据产生的特点,将SRA数据划分为四个等级: ...
Experiments包含了样本,DNA source,测序平台,数据处理等信息。一个experiment可能包含一个或多个runs。 Runs表示测序仪运行所产生的reads. SRA数据库用不同的前缀加以区分:ERPor SRP for Studies, SRS for samples, SRX for Experiments, and SRR for Runs。 下面以SRP019474为例说明 ncbi.nlm.nih.gov/Traces, Br...
Trace Archives数据库储存了由凝胶/毛细血管测序平台(例如Applied Biosystems ABI 3730)测序(一代测序)获得的序列数据。 6.1.3 Short Read Archive Short Read Archive(SRA)数据库里收录的数据都是由新一代测序仪(例如Roche-454、Illumina Genome Analyzer、AppliedBiosystem...
简介SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina...
NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件...