在SRA Run Selector界面下载所有样本信息Accession list(下载得到SRR_Acc_List.txt文件)。 8、将RR_Acc_List.txt放到sratoolkit.2.11.0-win64文件夹中bin文件夹中,在bin文件夹中按住shift同时点击邮件打开dos命令框,输入命令:prefetch.exe --option-file SRR_Acc_Lis...
进入SRA官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra, Search框中输入SRA编号(SRP114962),获得如下图的界面: 点击第一个样品即可查看其详细信息。 当样品比较多时,可以点击Send results to Run selector(图中画圈的位置)进入筛选页面。 从图中可发现,测序平台是Illumina HiSeq 4000,5748个Runs,每个Run的名字、样本...
./vdb-config -i 调整设置中第一栏MAIN中，第二项：Prefer SRA Lite files with simplified base Qua...
7、如果样本比较多可以通过NCBI提供的下载工具SRA Toolkit下载。在SRA Run Selector界面下载所有样本信息Ac...
如果是进行数据挖掘的话，就可以直接在NCBI上选择SRA直接搜索，搜索完成后，可以进一步进行数据过滤，选择...
网址：Datasets Documentation datasets 和 dataformat是 NCBI的命令行（Command line tools）工具，datasets...