qPCR——引物设计——NCBI-CDD查看基因的保守结构域(简单实用), 视频播放量 6736、弹幕量 3、点赞数 69、投硬币枚数 22、收藏人数 232、转发人数 69, 视频作者 二哈学姐, 作者简介 在职在读博士,苦逼的科研打工人!一直在路上!,相关视频:序列比对与结构域分析相关知识
CDD: NCBI's conserved domain database. Nucleic Acids Res. 2015;43:D222-6.Marchler-Bauer A,Derbyshire M K,Gonzales N R,Lu S,Chitsaz F,Geer L Y,Geer R C,He J,Gwadz M,Hurwitz D I,Lanczycki C J, Lu F,Marchler G H,Song J S,Thanki N,Wang Z,Yamashita R A,Zhang D,Zheng ...
CD-Search 的主要功能包括: Conserved Domain Database (CDD): CD-Search使用NCBI的Conserved Domain Database,这是一个包含已知结构域的数据库。 结构域识别: 用户可以提交蛋白质序列,CD-Search会对该序列进行分析,识别其中的保守结构域。 结构域注释: 工具提供有关查询序列中结构域的信息,包括结构域的名称、位置...
NCBI-cdd保守结构域预测 attachments-2018-07-HXZXbUUl5b55498230963.jpg 2.预测单条序列的保守结构域，点击CD-search进⼊：粘贴基因的蛋⽩序列，或者是核酸序列都可以，注意为fasta序列，如果你知道基因的GI或Accession号，也可以直接数据这些ID就可以查询，右⽅OPTIONS中选择要搜索的数据库，Expect Value等，或者...
网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi 输出结果: Name: 保守结构域的名称或标识符,也可以是结构域的通用名称。 Accession: 保守结构域的数据库访问号。 Description: 保守结构域的描述性信息, 提供了关于保守结构域功能、结构和可能的生物学意义的文字描述。
Use Standalone RPS-BLAST and rpsbproc(https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/mmdb/cdd/rpsbproc/e) (这个网址好像失效了)to compute and retrieve(检索) domain annotation programmatically. Basic Protocol3demonstrates how to identify protein domains for a batch of protein queries of greater than 4000.演示了...
CDD是一种蛋白质注释资源,由一系列经过充分注释的古代结构域和全长蛋白质序列比对模型组成。 Database of Genomic Structural Variation (dbVar) dbVar数据库储存了大规模基因组变异相关的信息,包括大插入,缺失,易位和倒位。 除了分类突变之外,dbVar还存储已定义突变与表型信息的关联。
Gene数据库为用户提供基因序列注释和检索服务,还会链接到NCBI的Map Viewer、Evidence Viewer、ModelMaker、BLAST Link (Blink)、protein domains from the Conserved DomainDatabase(CDD)等数据库资源以及其它与基因相关的资源。Entrez Gene数据库收录了来自5300多个物种的430万...
1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。 然后选择CD-search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2.预测单条序列的保守结构域,点击CD-search进入: 粘贴基因的蛋白序列,或者是核酸序列都可以,注意为fasta序列,如果你知道基...
1. NCBI中CDD数据库的查询和使用 打开NCBI首页,选择红圈里的选项 2. 进入CDD数据库,还是红圈里的选项 3. 进入后有以下界面,如果是单条序列,直接进入CD-Search选项,如果要批量查询,则进入Batch-CD- Search。此处以单条序列为例进行介绍。 4. 进入CD-search后可直接粘贴核苷酸序列或者氨基酸序列到此框中。