1.CDD入口:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/,该工具为NCBI提供的,NCBI主页选项口选择进入Conserved Domain然后点击Search。 然后选择CD-search(单个基因),或者Batch CD-Search(多个基因)。 2.预测单条序列的保守结构域,点击CD-search进入: 粘贴基因的蛋白序列,或者是核酸序列都可以
2 内容提要 1.基本概念相似性，同源性2.Blast介绍Blast资源和相关问题3.Blast的应用网络版，单机版4.深入了解Blast(改进程序，算法基础)5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）3 生物序列的相似性 相似性(similarity)：是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B...
<DbName>cdd</DbName> <DbName>gap</DbName> <DbName>domains</DbName> <DbName>gene</DbName> <DbName>genomeprj</DbName> <DbName>gensat</DbName> <DbName>geo</DbName> <DbName>gds</DbName> <DbName>homologene</DbName> <DbName>journals</DbName> <DbName>mesh</DbName> <DbName>ncbisearch</DbName>...
1. NCBI中CDD数据库的查询和使用 打开NCBI首页,选择红圈里的选项 2. 进入CDD数据库,还是红圈里的选项 3. 进入后有以下界面,如果是单条序列,直接进入CD-Search选项,如果要批量查询,则进入Batch-CD- Search。此处以单条序列为例进行介绍。 4. 进入CD-search后可直接粘贴核苷酸序列或者氨基酸序列到此框中。 5. 举...
5、列注释和检索服务,还会链接到NCBI的Map Viewer、Evidence Viewer、Model Maker、BLAST Link (Blink)、protein domains from the Conserved Domain Database(CDD)等数据库资源以及其它与基因相关的资源。Entrez Gene数据库收录了来自5300多个物种的430万条基因记录。基因表达文库数据集GEO DataSetsGene Expression Omnibus...
我们可以看一下这个键对应的值就是存储了上面得到的数据库名字的列表: >>>record["DbList"]['pubmed','protein','nuccore','ipg','nucleotide','structure','sparcle','genome','annotinfo','assembly','bioproject','biosample','blastdbinfo','books','cdd','clinvar','gap','gapplus','grasp',...
内容提要 1.基本概念相似性，同源性 2.Blast介绍Blast资源和相关问题 3.Blast的应用网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础)5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）3 生物序列的相似性 相似性(similarity)：是指一种很直接的数量关系，比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和...
2 内容提要 1.基本概念相似性，同源性2.Blast介绍Blast资源和相关问题3.Blast的应用网络版，单机版4.深入了解Blast(改进程序，算法基础)5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）3 生物序列的相似性 相似性(similarity)：是指一种很直接的数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B...
内容提要 1.基本概念相似性，同源性 2.Blast介绍Blast资源和相关问题 3.Blast的应用网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础)5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）3 生物序列的相似性 相似性(similarity)：是指一种很直接的数量关系，比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和...