使用wget常规下载 wget-c-t0https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 使用aspera下载 参考:秘籍 | 惊了,使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s - 简书 (jianshu.com) 软件可以使用源码安装,也可以使用conda安装;使用的时候需要注意指定 - i,也就是你秘钥的位置(asperaweb_id_dsa.openssh)。
export "PATH=/home/monkeyflower/biosoft/ncbi-blast-2.13.0+/bin:$PATH" #将blast添加到环境变量 3.安装叶绿体基因组等数据库 conda activate getorganelle#激活getorganelle(若要使用getorganelle,必须先激活环境)get_organelle_config.py--addembplant_pt#植物叶绿体基因组:embplant_pt,植物线粒体基因组:embplant_...
1.1 安装lftp 使用conda安装 ## 搜索lftp conda search lftp ## 安装 lftp conda install -y lftp (base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version...
因为我们是通过conda安装的aspera,aspera-cli公钥文件的位置在你的conda环境目录下的etc文件夹中,比如我的aspera-cli公钥文件在/public/home/wlxie/miniconda3/envs/biosoft/etc 而且因为是conda安装的,我们不需要修改什么配置文件和依赖关系,还是挺省事的。 用aspera下载数据库nr/nt nr/nt数据库也可以通过ftp方式获得...
先创建⼀个download的conda环境 以后下载数据都在这个环境中下载 conda create -n download conda install -c hcc aspera-cli 输⼊ascp看是否安装成功 2.下载nt库 直接下载nt库 ascp -T -k 1 -l 200m -i /home/ngs/anaconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db...
NCBI在线Blast的图文说明 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍:1、...
我是使用conda安装的这个软件,首先激活虚拟环境 下载 默认是保存在ncbi文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq... 数据 存储位置 数据类型 原创 wx6221d9080e88d 2022-03-18 10:31:37 392阅读 使用biopython查询NCBI数据库 NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一,集成了pubmed,genebank等子 ...
blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST 简说基因 2020/11/19 7.6K3 第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理 java 原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE50177 这篇文章的数据适中,不仅可以用来做RNA-seq,后面我们 ...
1.1 安装lftp 使用conda安装 ## 搜索lftp conda search lftp ## 安装 lftp conda install -y lftp (base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp Collecting packagemetadata(current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== ...
选择系统对应的版本下载最新版 https://github.com/shenwei356/taxonkit/releases ,解压后添加环境变量即可使用。或可选conda安装 conda install taxonkit -c bioconda -y # 表格数据处理,推荐使用 csvtk 更高效 conda install csvtk -c bioconda -y 测试数据下载可直接 https://github.com/shenwei356/taxonkit 下...