使用conda安装BLAST,可以按照以下步骤进行: 打开命令行终端: 根据你的操作系统,打开相应的命令行工具。例如,在macOS或Linux上可以使用Terminal,在Windows上可以使用Anaconda Prompt。 添加Bioconda频道(如果尚未添加): 在安装BLAST或任何Bioconda包之前,推荐添加Bioconda频道。这可以通过以下命令完成: bash conda config -...
Blast安装 对于Windows用户，可以参照相关教程进行安装。而对于Linux服务器用户，则可以选择使用Conda方法或直接下载源码进行安装。其中，Conda安装方法最为简便，只需一条命令即可完成。Blast测试 安装完成后，为了确保Blast已正确安装，我们需要进行简单的测试。测试方法包括进入命令行界面并执行相关命令，以确认Blast是否能够...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
2. conda安装: 先conda search blast 查看包含哪些版本,最后选择所需要的版本进行安装,如: conda search blast conda install blast2.2.31 3. 参考文章 六、BLAST+的运行 1. 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname 主要参数说明: ...
$ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar....
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
访问 UniProt 官网的下载页面，选择 TrEMBL 和 Swiss-Prot 库，并下载 FASTA 格式的数据库文件。推荐下载工具 aria2c，支持断点续传。注意，下载时可选择使用镜像以加快速度，国内用户建议选择第三个镜像。步骤二：安装 BLAST 工具。若尚未安装，可从 NCBI 官网下载安装，或使用conda 虚拟环境的命令进行...
通过conda命令搜索和选择所需的BLAST版本进行安装，例如使用conda search blast。安装后，根据系统需求进行配置。BLAST+的运行 在使用BLAST+进行序列比对时，遵循特定的命令行参数以优化搜索效率和结果质量。BLASTALL的运行教程 对于构建核酸库的用户，BLASTALL提供了一套完整的运行指导。在处理库文件时，生成一...
由于我国特殊的网络环境,有时候我们通过conda无法顺利下载和安装生信软件,我们必须还得熟悉传统的软件安装方式,以备不时之需。 传统的软件安装方式包括:安装预编译版本的软件和从源代码安装软件。由于从源代码安装软件的编译过程非常缓慢,一般情况下优先安装预编译版本。 1.从ftp下载预编译版本的BLAST安装包 # 选择Linux...