要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道来安装BLAST或其相关的conda包。 以...
Executing transaction: done 这里可以看到openssl已经安装了。到这里,大家都会默认软件安装已经完成,能正常运行了。但是,在运行建库步骤的时候,提示有问题: makeblastdb -in VEGFA.fa -dbtype nucl -out VEGFA20220214 makeblastdb: error while loading shared libraries: libssl.so.1.0.0: cannot open shared obj...
添加完路径后,接下来就是安装软件,这里以常用的计算生物学软件为例,比如blast, mafft 和 bwa/tophat/tophat2。 但是在使用conda 安装blast的时候,遇到了安装非常慢的问题(一直转圈),感觉是因为这些包没有windows版本的原因。于是,决定还是在WSL2 linux虚拟机上,重复上面操作,提前添加一个bioconda的镜像源,在linux...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
软件安装 可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast 搜索哪些软件可以用conda下载 网站查询 https://anaconda.org/searchhttps://bioconda.github.io/ conda search XXX 有时候在服务器搜索会很慢 关键词搜索 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
安装fastp conda install fastp 一直yes回车即可,查看安装位置 which fastp 安装blast conda search blast #搜索blast在conda的名称和版本 conda install blast #安装最新的balst conda install blast=版本号 #安装指定版本 which blastp #查找blastp软件,而不是软件包blast ...
Step6 软件安装 可以直接使用conda去安装一些我们需要用到的软件,比如我之后要搭建的blast Q1: 搜索哪些软件可以用conda下载 方法1:网站查询 https://bioconda.github.io/ 方法2:conda search XXX 注:有时候在服务器搜索会很慢 方法3:关键词搜索 Q2: 指定安装软件的版本(以fastqc为例) ...
3、如何安装conda: 首选清华镜像:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ 第一步:下载: wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh 第二步:安装: ###安装在实验室服务器中 ...
首先,我们为什么要安装conda? 因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件,软件安装中会遇到各种问题。 第一步——conda的安装 打开termius,并登录服务器 #使用国内镜像下载conda,在家目录下输入 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ...
具体操作包括软件安装，如使用conda安装Blast。搜索可用软件可通过anaconda.org或bioconda.github.io。要指定软件版本，如fastqc 0.11.7，可以添加版本号并使用-y参数跳过确认。Mamba作为Conda的加速版本，提供了更快的下载和并行安装，且在base环境中的包无需重复安装。mamba可用于搜索、安装软件，并显示软件...