在生物信息学,BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法,用于比较生物的序列信息,诸如蛋白质的氨基酸序列、DNA或RNA核苷酸序列。BLAST搜索使研究人员能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询)与一个数据库进行比较,并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。在线的BLAST功能只需要将序列输入,然后BLAST,最后会给...
配置好之后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件(不建议下载序列文件,一是因为后者文件更大,二是因为可以从库文件中提取序列blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa,最主要是建库需要花费很长时间),直接运行下列命令即可自动下载。 update_blastdb.pl nt ...
输入命令cd C://Users/wanglab1/Desktop,按回车键,目的是找到程序安装的位置。 输入命令cd .\软件\ncbi-blast-2.9.0+-win64\bin\,按回车键,目的是找到程序位置。 构建数据库 输入命令 .\makeblastdb.exe -in C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib -dbtype prot -out lailai 按回车,目的是构建数据库...
cd ncbi-blast-2.13.0+-src 在文件夹中,您将看到一个名为c++的目录,这是编译BLAST+的起点。运行以下命令来编译和安装BLAST+: cd c++ make sudo make install 编译和安装过程可能需要一些时间。完成后,您可以通过以下命令来验证BLAST+是否正确安装: blastp-version 如果系统返回了BLAST+的版本信息,那么就表示安装...
一、BLAST+安装 1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) ...
做生物信息怎么能离开ncbi数据库呢,这次我们来介绍一下ncbi数据库的使用,平时使用网页也可以操作NCBI数据库,但是毕竟当数据增多的时候,使用网页还是比较麻烦的,这个时候就可以使用ncbi自带的工具软件,blast+,sratoolkit,edirect。 blast+安装及使用 blast+是ncbi最重要的功能,用来找同源基因序列。 cd /ifs1/Softwar...
1) Download the database that you want to blast against, for example theNTdatabase from NCBI. If you want to use a local database, store all the sequences in a text file. The file provided by NCBI is a zipped (nt.gz) file so you have to unzip it. 2) At the DOS prompt (whic...
NCBI本地Blast安装方法参考.pdf,IN HOUSE LOCAL BLAST SEARCH To get started you need theblastall.exe and formatdb.exe (From NCBI). The rest of the perl and batch programs you might need to change the path of the directories they are pointing to or the blast
INHOUSELOCALBLASTSEARCHTogetstartedyouneedtheblastall,e,eandformatdb,e,e,FromNCBI,Therestoftheperlandbatchprogramsyoumig
NCBI的blast++软件的使用 目录 一:下载安装该软件 二:准备数据 三:运行命令 四:输出文件解读 正文 一:下载安装该软件 在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz ...