首先你得从相应的网站下载番茄一部分序列(因为我们以blastp为例,所以只下载了它的蛋白序列),以及下载得到桃的基因组文件(只用其中的蛋白序列)。下载得到的文件放在一个文件夹中。 2.2 库的构建 利用下载得到的桃的基因组文件进行构建蛋白库。在终端中输入如下代码: cd /Users/bcl/Desktop/blastp #cd到存放文件的...
1.通过blast+工具自带的更新程序下载 2.通过aspera工具下载 同样是网速的问题,如果用第一种方法下载,我们可以在~/blast/bin目录下找到如下的perl程序 直接运行命令perl update_blastdb.pl nt 但是10几kb/s的速度真的让人抓狂,所以我推荐第二种方法:用IBM公司开发的快速下载神器——aspera 安装aspera 在我之前写的...
sudo apt-get install build-essential 接下来,从NCBI官网下载BLAST+的源代码。访问NCBI的BLAST+下载页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1764/),找到适合Linux的源代码包,通常是一个以.tar.gz结尾的文件。使用wget或curl下载到您的服务器: wget https://ncbi.github.io/blast-plus-book/static/blast...
输入命令cd C://Users/wanglab1/Desktop,按回车键,目的是找到程序安装的位置。 输入命令cd .\软件\ncbi-blast-2.9.0+-win64\bin\,按回车键,目的是找到程序位置。 构建数据库 输入命令 .\makeblastdb.exe -in C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib -dbtype prot -out lailai 按回车,目的是构建数据库...
1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。
谢谢!下载安装包链接:https://pan.baidu.com/s/1Fw4J9kIOCTsiYWdCC86Asw 提取码:yyds NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Blast:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast 展开更多校园分享官 知识 校园学习 视频教程 学习 生物 教育 经验分享 基因 学习心得 qPCR 校园分享官第3期...
IN HOUSE LOCAL BLAST SEARCH To get started you need theblastall.exeandformatdb.exe(From NCBI). The rest of the perl and batch programs you might need to change the path of the directories they are pointing to or the blast option they use, could be downloaded from:http://psi081.ba.ars...
一、BLAST+安装 1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) ...
做生物信息怎么能离开ncbi数据库呢,这次我们来介绍一下ncbi数据库的使用,平时使用网页也可以操作NCBI数据库,但是毕竟当数据增多的时候,使用网页还是比较麻烦的,这个时候就可以使用ncbi自带的工具软件,blast+,sratoolkit,edirect。 blast+安装及使用 blast+是ncbi最重要的功能,用来找同源基因序列。
我在centos8.4中安装ncbi-blast,但是却无法在bin中找到blastall,旧版本2.2.25,2.2.26以及最新的版本里都找不到,网上教程还说有,这到底是怎么回事? 关注问题写回答 邀请回答 好问题 5 个回答二十岁关注blast+是blast的升级,将blastn,blastx等程序与blastall分隔开,如果实在是要用blastall的话...