cd~/local/app/# 进入本地程序安装路径mvncbi-blast-2.2.30+ blast # 修改目录名 现在,已经将BLAST+安装到~/local/app/blast中了(~知道吧,就是用户的家目录,可用环境变量$HOME代替)。 [shenwei@mu01 blast]$pwd# 查看当前目录的绝对路径/db/home/shenwei/local/app/blast [shenwei@mu01 blast]$ls# ...
在生物信息学,BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法,用于比较生物的序列信息,诸如蛋白质的氨基酸序列、DNA或RNA核苷酸序列。BLAST搜索使研究人员能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询)与一个数据库进行比较,并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。在线的BLAST功能只需要将序列输入,然后BLAST,最后会给...
输入命令cd C://Users/wanglab1/Desktop,按回车键,目的是找到程序安装的位置。 输入命令cd .\软件\ncbi-blast-2.9.0+-win64\bin\,按回车键,目的是找到程序位置。 构建数据库 输入命令 .\makeblastdb.exe -in C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib -dbtype prot -out lailai 按回车,目的是构建数据库...
wget https://ncbi.github.io/blast-plus-book/static/blastplus-2.13.0-src.tar.gz 下载完成后,解压缩文件: tar-zxvf blastplus-2.13.0-src.tar.gz 这将创建一个包含源代码的文件夹。进入该文件夹: cd ncbi-blast-2.13.0+-src 在文件夹中,您将看到一个名为c++的目录,这是编译BLAST+的起点。运行以下...
1、建立NR/NT/WINDOW_MASKER库配置文件 参考地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279695/#usermanual.Configuring_BLAST_via_configu 说明: NT:non-redundant nucleotide 非冗余核苷酸序列库 NR:non-redundant protein 非冗余蛋白质序列库 2、下载NT/NR库...
1) Download the database that you want to blast against, for example theNTdatabase from NCBI. If you want to use a local database, store all the sequences in a text file. The file provided by NCBI is a zipped (nt.gz) file so you have to unzip it. 2) At the DOS prompt (whic...
做生物信息怎么能离开ncbi数据库呢,这次我们来介绍一下ncbi数据库的使用,平时使用网页也可以操作NCBI数据库,但是毕竟当数据增多的时候,使用网页还是比较麻烦的,这个时候就可以使用ncbi自带的工具软件,blast+,sratoolkit,edirect。 blast+安装及使用 blast+是ncbi最重要的功能,用来找同源基因序列。 cd /ifs1/Softwar...
INHOUSELOCALBLASTSEARCHTogetstartedyouneedtheblastall,e,eandformatdb,e,e,FromNCBI,Therestoftheperlandbatchprogramsyoumig
在NCBI引物设计与Blast引物验证 叶沐橙1998 PrimerBank引物设计+Blast验证 大后天下雨吗 Primer Premier 5【PCR和qPCR引物设计】安装教程 NIRO爱科研 03:07 三分钟!qpcr引物验证! 二二syyyyyyyyy 70500 16:51 Primer5 引物设计基础 亲爱的华-研发工程师
export PATH="/public/home/wlxie/blast/bin:$PATH" 保存退出后重新source一下.bashrc文件,blast+工具就安装好了。 2 下载nr/nt数据库 我们比对一般用的是NCBI的非冗余蛋白/核酸数据库,有两种方法下载nr/nt数据库: 1.通过blast+工具自带的更新程序下载 ...