在生物信息学,BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法,用于比较生物的序列信息,诸如蛋白质的氨基酸序列、DNA或RNA核苷酸序列。BLAST搜索使研究人员能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询)与一个数据库进行比较,并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。在线的BLAST功能只需要将序列输入,然后BLAST,最后会给...
配置好之后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件(不建议下载序列文件,一是因为后者文件更大,二是因为可以从库文件中提取序列blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa,最主要是建库需要花费很长时间),直接运行下列命令即可自动下载。 update_blastdb.pl nt ...
点击“新建”-变量名“blastdb”,变量值为“C:\software\NCBI\blast-2.6.0+\db”(即数据库路径,并关联到这个文件夹)。 图片.png 点击Win + R,输入“cmd”调出 MS-DOS 命令行,转到 Blast 安装目录,输入命令“blastn -version”即可查看版本 cdC:\software\NCBI\blast-2.6.0+ blastn -version 图片.png ...
cd ncbi-blast-2.13.0+-src 在文件夹中,您将看到一个名为c++的目录,这是编译BLAST+的起点。运行以下命令来编译和安装BLAST+: cd c++ make sudo make install 编译和安装过程可能需要一些时间。完成后,您可以通过以下命令来验证BLAST+是否正确安装: blastp-version 如果系统返回了BLAST+的版本信息,那么就表示安装...
export PATH="/public/home/wlxie/blast/bin:$PATH" 保存退出后重新source一下.bashrc文件,blast+工具就安装好了。 2 下载nr/nt数据库 我们比对一般用的是NCBI的非冗余蛋白/核酸数据库,有两种方法下载nr/nt数据库: 1.通过blast+工具自带的更新程序下载 ...
一、BLAST+安装 1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) ...
NCBI本地Blast安装方法参考.pdf,IN HOUSE LOCAL BLAST SEARCH To get started you need theblastall.exe and formatdb.exe (From NCBI). The rest of the perl and batch programs you might need to change the path of the directories they are pointing to or the blast
1) Download the database that you want to blast against, for example theNTdatabase from NCBI. If you want to use a local database, store all the sequences in a text file. The file provided by NCBI is a zipped (nt.gz) file so you have to unzip it. 2) At the DOS prompt (whic...
1) Download the database that you want to blast against, for example theNTdatabase from NCBI. If you want to use a local database, store all the sequences in a text file. The file provided by NCBI is a zipped (nt.gz) file so you have to unzip it. 2) At the DOS prompt (whic...
1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。