在生物信息学,BLAST(基本的局部比对搜索工具)是一种算法,用于比较生物的序列信息,诸如蛋白质的氨基酸序列、DNA或RNA核苷酸序列。BLAST搜索使研究人员能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询)与一个数据库进行比较,并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。在线的BLAST功能只需要将序列输入,然后BLAST,最后会给...
先到解压后所在磁盘E盘,然后输入解压后blast可执行程序路径,进入。 二、运行BLAST+、参数以及结果介绍(linux和winows系统) 三、配置BLAST本地NCBI的NR/NT库 1、建立NR/NT/WINDOW_MASKER库配置文件 参考地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279695/#usermanual.Configuring_BLAST_via_configu 说明: NT:n...
输入命令cd C://Users/wanglab1/Desktop,按回车键,目的是找到程序安装的位置。 输入命令cd .\软件\ncbi-blast-2.9.0+-win64\bin\,按回车键,目的是找到程序位置。 构建数据库 输入命令 .\makeblastdb.exe -in C:\Users\wanglab1\Desktop\pepunit.lib -dbtype prot -out lailai 按回车,目的是构建数据库...
配置好之后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件(不建议下载序列文件,一是因为后者文件更大,二是因为可以从库文件中提取序列blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f" -out nr.fa,最主要是建库需要花费很长时间),直接运行下列命令即可自动下载。 update_blastdb.pl nt ...
blast+安装及使用 blast+是ncbi最重要的功能,用来找同源基因序列。 cd /ifs1/Software/biosoft wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 将程序链接到bin目录下 for i in ncbi-blas...
export PATH="/public/home/wlxie/blast/bin:$PATH" 保存退出后重新source一下.bashrc文件,blast+工具就安装好了。 2 下载nr/nt数据库 我们比对一般用的是NCBI的非冗余蛋白/核酸数据库,有两种方法下载nr/nt数据库: 1.通过blast+工具自带的更新程序下载 ...
NCBI的blast++软件的使用 目录 一:下载安装该软件 二:准备数据 三:运行命令 四:输出文件解读 正文 一:下载安装该软件 在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 我们一般选择适合我们操作系统的二进制版本...
3.2 BLAST output formats 标准的BLAST输出格式包括默认的配对比对格式(default pairwise alignment)、搜索定位的多序列比对格式(query-anchored multiple sequence alignment formats)、简单的可解析的Hit Table格式以及按照分类学给出的报告格式等。一种叫做“按照同一性进行配对(Pairwise with identities)”的格式能更好...
IN HOUSE LOCAL BLAST SEARCHTo get started you need the blastall.exe and formatdb.exe (From NCBI). The rest of the perl and batch programs you might need to change the path of the directories they are pointing to or the blast option they use, could be downloaded from: /SGMD/software/...
NCBI本地Blast安装方法参考.pdf,IN HOUSE LOCAL BLAST SEARCH To get started you need theblastall.exe and formatdb.exe (From NCBI). The rest of the perl and batch programs you might need to change the path of the directories they are pointing to or the blast