conda create -n blast # 激活环境 conda activate blast # 搜索可用的BLAST版本 conda search blast # 安装BLAST conda install blast # 查看安装 blastn -h (2) 建立核酸数据库 访问NCBI BLAST数据库官网(https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db),病毒数据库文件在2024年7月16日更新至nt_viruses.20.tar...
#安装bedtools conda install -c bioconda bedtools conda install -c bioconda/label/cf201901 bedtools #可使用bedtools的 “bamToFastq”实现 bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i<BAM>-fq<FASTQ> #convert bedtools bamtofastq -i LR22A5DH23.unmapped.sorted.bam-fq out.R1.fq-fq2 out.R2.fq bedtoo...
prefetch软件就是默认通过aspera工具进行下载的。 如果之前没有安装过aspera,可以用conda直接安装,命令如下: conda install -c hcc aspera-cli 这里注意下aspera-cli是aspera的命令行版本,各种不同版本的本质上下载都是调用ascp程序,并且需要openssh公钥认证,不同版本的aspera公钥文件存放的位置不同。因为我们是通过conda...