而且因为是conda安装的,我们不需要修改什么配置文件和依赖关系,还是挺省事的。 用aspera下载数据库nr/nt nr/nt数据库也可以通过ftp方式获得,点击这里查看ftp网址 为了方便找到下载到本地的数据库,先在家目录新建db/blast文件夹,进入这个文件夹后,在当前目录下运行如下命令: ascp -QT -i /public/home/wlxie/minicon...
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
1.1 安装lftp 使用conda安装 ## 搜索lftp conda search lftp ## 安装 lftp conda install -y lftp (base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version...
conda install -n getorganelle -c bioconda getorganelle #安装getorganelle 2.安装blast 由于网速的原因,可先将blast的压缩包(ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz)下载到Windows上,再上传到服务器的/home/monkeyflower/biosoft目录 cd /home/monkeyflower/biosoft #转到将要安装的目录 tar -zxvf ncbi-blast-2.1...
conda install csvtk -c bioconda -y 测试数据下载可直接 https://github.com/shenwei356/taxonkit 下载项目压缩包,或使用git clone下载项目文件夹,其中的example为测试数据 git clone https://github.com/shenwei356/taxonkit TaxonKit为命令行工具,采用子命令的方式来执行不同功能, ...
先创建⼀个download的conda环境 以后下载数据都在这个环境中下载 conda create -n download conda install -c hcc aspera-cli 输⼊ascp看是否安装成功 2.下载nt库 直接下载nt库 ascp -T -k 1 -l 200m -i /home/ngs/anaconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db...
NCBI在线Blast的图文说明 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍:1、...
NCBI在线Blast的图文说明 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍:1、...
hello, I used conda to install berokka, but run into this problem: Error: NCBI C++ Exception: T0 "/opt/conda/conda-bld/blast_1537407096784/work/c++/src/objtools/readers/fasta.cpp", line 2178: Error: ncbi::objects::CFastaReader::PostWarni...
A BLAST databaseFASTA file format: Protein sequences extracted from a local CAZyme database are written out with the GenBank/UniProt accession as the protein ID, and the name of the source database ('GenBank' or 'UniProt') as the description.To...