打开BLAST官网(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)查看不同功能的BLAST工具,包括BLASTN、BLASTX、TBLASTN和BLASTP。 一、网页版BLAST 网页版NCBI BLASTN应用请参考未知基因序列(片段)的NCBI BLAST比对搜索。 二、本地LINUX版BLAST (1) 本地安装Linux版BLAST程序 # 创建环境 conda create -n blast # ...
===未完待续 BLAST简介: BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)的英文缩写,意即碱基局部对准检索工具,是一种序列类似性检索工具。它采用 统计学记分系统,能将真正配对的序列同随机产生的干扰序列区别…
在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/...
访问NCBI的BLAST+下载页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1764/),找到适合Linux的源代码包,通常是一个以.tar.gz结尾的文件。使用wget或curl下载到您的服务器: wget https://ncbi.github.io/blast-plus-book/static/blastplus-2.13.0-src.tar.gz 下载完成后,解压缩文件: tar-zxvf blastplus-2.13....
1. 下载并安装BLAST+ 打开下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ # 下载安装包 xjf@ubuntu:~$ wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz
1、linux 安装 (代码可左右滑动,下同) 2、windows 安装 下载地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-win64.tar.gz 解压: win+R 快捷键组会进入运行程序。输入cmd进入命令行模式。(下面两图) ...
好在NCBI很贴心地提供了blast+工具,我们安装好blast+工具和下载好数据库以后,就可以不依赖网页和NCBI地服务器,在本地服务器上运行了。 1 安装blast+ 最新版blast+工具可以通过ftp方式获得,点击这里 我是在集群账户下安装,集群机器都是linux操作系统的,因此我选择的最新linux版本 ...
1. 安装配置BLAST+程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/中下载最新的BLAST可执行程序(不要下载源代码`,源码编译非常慢),选择预编译版本,如ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz。如果服务器能联网,可直接用wget下载。或者,下载后用SFTP客户端传输到服务器上。
一:安装blast 1. 下载blast: $wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz 2. 解压: $tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 3. 将blast添加进环境 $vim ~/.bashrc
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ Web版程序地址: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome 下面以linux下构建本地分析为例: 1)下载安装完成后,使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件,直接运行...