而且因为是conda安装的,我们不需要修改什么配置文件和依赖关系,还是挺省事的。 用aspera下载数据库nr/nt nr/nt数据库也可以通过ftp方式获得,点击这里查看ftp网址 为了方便找到下载到本地的数据库,先在家目录新建db/blast文件夹,进入这个文件夹后,在当前目录下运行如下命令: ascp -QT -i /public/home/wlxie/minicon...
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
1.1 安装lftp 使用conda安装 ## 搜索lftp conda search lftp ## 安装 lftp conda install -y lftp (base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version...
wget-c-t0https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 使用aspera下载 参考:秘籍 | 惊了,使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s - 简书 (jianshu.com) 软件可以使用源码安装,也可以使用conda安装;使用的时候需要注意指定 - i,也就是你秘钥的位置(asperaweb_id_dsa.openssh)。 #一些参见的参数...
选择系统对应的版本下载最新版 https://github.com/shenwei356/taxonkit/releases ,解压后添加环境变量即可使用。或可选conda安装 conda install taxonkit -c bioconda -y # 表格数据处理,推荐使用 csvtk 更高效 conda install csvtk -c bioconda -y 测试数据下载可直接 https://github.com/shenwei356/taxonkit 下...
一文搞懂NCBI Blast本地数据库(NT/NR等)构建 node.jsftpgo数据库sql blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST 简说基因 2020/11/19 7.6K3 第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理 java 原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
NCBI在线Blast的图文说明 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍:1、...
先创建⼀个download的conda环境 以后下载数据都在这个环境中下载 conda create -n download conda install -c hcc aspera-cli 输⼊ascp看是否安装成功 2.下载nt库 直接下载nt库 ascp -T -k 1 -l 200m -i /home/ngs/anaconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db...
hello, I used conda to install berokka, but run into this problem: Error: NCBI C++ Exception: T0 "/opt/conda/conda-bld/blast_1537407096784/work/c++/src/objtools/readers/fasta.cpp", line 2178: Error: ncbi::objects::CFastaReader::PostWarni...
NCBI下载原始数据 我是使用conda安装的这个软件,首先激活虚拟环境 conda activate download_raw_data 下载 prefetch SRR10193119 ?...image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下,这个相对还是挺快的,2.5个G,4分钟左右就下载好了这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump 1.2K20 批量导入NC...