打开BLAST官网(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)查看不同功能的BLAST工具,包括BLASTN、BLASTX、TBLASTN和BLASTP。 一、网页版BLAST 网页版NCBI BLASTN应用请参考未知基因序列(片段)的NCBI BLAST比对搜索。 二、本地LINUX版BLAST (1) 本地安装Linux版BLAST程序 # 创建环境 conda create -n blast # ...
而且因为是conda安装的,我们不需要修改什么配置文件和依赖关系,还是挺省事的。 用aspera下载数据库nr/nt nr/nt数据库也可以通过ftp方式获得,点击这里查看ftp网址 为了方便找到下载到本地的数据库,先在家目录新建db/blast文件夹,进入这个文件夹后,在当前目录下运行如下命令: ascp -QT -i /public/home/wlxie/minicon...
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。 2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列(一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白),再对每一条作一对一的蛋白序列比对。 3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。
1.1 安装lftp 使用conda安装 ## 搜索lftp conda search lftp ## 安装 lftp conda install -y lftp (base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp Collecting packagemetadata(current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: ...
wget-c-t0https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 使用aspera下载 参考:秘籍 | 惊了,使用aspera下载SRA数据速度高达 291Mb/s - 简书 (jianshu.com) 软件可以使用源码安装,也可以使用conda安装;使用的时候需要注意指定 - i,也就是你秘钥的位置(asperaweb_id_dsa.openssh)。
一文搞懂NCBI Blast本地数据库(NT/NR等)构建 node.jsftpgo数据库sql blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST 简说基因 2020/11/19 7.6K3 第二次RNA-seq实战总结(2)-数据下载并进行数据处理 java 原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE...
I am using anaconda as below: Now I have 2 issues that stop my work. 1) I cannot use conda install for any package. It will give me the error in solving environment list this: then it will fail again ... java.lang.ClassNotFoundException: org.jdom.JDOMException ...
hello, I used conda to install berokka, but run into this problem: Error: NCBI C++ Exception: T0 "/opt/conda/conda-bld/blast_1537407096784/work/c++/src/objtools/readers/fasta.cpp", line 2178: Error: ncbi::objects::CFastaReader::PostWarni...
BlastToSam.md BreakdancerToVcf.md BuildDbsnp.md BuildWikipediaOntology.md CNVValidatorServer.md CaseControlCanvas.md CaseControlJfx.md CnvTView.md CombineVcfFisher.md CommBams.md CompareBamAndBuild.md CompareBams.md CompareBams4.md ConcatSam.md ConvertBamChromosomes.md ConvertBedChromosomes....
先创建⼀个download的conda环境 以后下载数据都在这个环境中下载 conda create -n download conda install -c hcc aspera-cli 输⼊ascp看是否安装成功 2.下载nt库 直接下载nt库 ascp -T -k 1 -l 200m -i /home/ngs/anaconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db...