三、MSD计算的LAMMPS实现 3.1 基础用法 3.2 进阶用法 四、小结 一、前言 均方位移(Mean Square Displament,MSD)在扩散的研究中具备重要的参考意义。通过对均方位移求时间的一阶导数,可以得到相应的扩散系数,均方位移是描述一组粒子在不停地移动过程中,偏离最初位置的平方的平均值。[1]本文主要介绍MSD的相关概念和...
它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散，或者对流力是否也存在作用。视频教学中以lammps里“compute msd”命令计算均方位移 (MSD)
对应的python代码为: #导入需要的各种模块fromovito.ioimportimport_file,export_filefromovito.modifiersimportCalculateDisplacementsModifierimportnumpy#导入lammpsdump输出的轨迹文件pipeline=import_file("dump.xyz")#添加管道修饰,以轨迹文件的第一帧为基础,计算原子位移pipeline.modifiers.append(CalculateDisplacementsModifier...
MSD定义为原子组位移平方的平均值，可通过公式表示，其中N代表原子数量，x(t)为t时刻原子位置，x(0)为初始位置。MSD的计算方式直观反映了原子组的扩散行为。对于三维系统，MSD与扩散系数D之间存在线性关系，具体为公式。在LAMMPS中计算MSD相对简单，只需选定初始时刻，以dx、dy、dz表示原子位置变化即可计...
在LAMMPS中,MSD的单位取决于你所选择的长度单位和时间单位。常见的长度单位包括埃(Angstrom)和纳米(nanometer),常见的时间单位包括皮秒(picosecond)和飞秒(femtosecond)。 如果使用埃和皮秒作为长度和时间单位,那么MSD的单位将是埃的平方(Å^2)。如果使用纳米和飞秒作为长度和时间单位,那么MSD的单位将是纳米的平方(nm...
有进行分组计算，使用vmd计算na、cl离子时出现很明显的波动，而lammps的计算显示持续上升，所以想问问应该...
通常情况下,LAMMPS的输入数据单位是标准的国际单位制(SI unit)。下面将一步一步地回答有关LAMMPS MSD单位的问题。 第一步:单位制 在LAMMPS的MD模拟中,通常使用的单位制是实验物理常数(NIST)单位制。这意味着通常情况下,长度的单位是埃(angstrom),质量的单位是原子质量单位(atomicmass unit),时间的单位是飞秒(...
一、生成data.lammps data.lammps文本包括所有atom的 Masses、Pair Coeffs、Bond Coeffs、Angle Coeffs、Dihedral Coeffs、XYZ、Bonds、Angles及Dihedrals。以上内容不需手动输入,大致步骤为:首先通过packmol生成整个体系的xyz文件,再通过d4lkcal-opls将mmol文件与xyz文件合成data.lammps文件。
一、生成data.lammps data.lammps文本包括所有atom的 Masses、Pair Coeffs、Bond Coeffs、Angle Coeffs、Dihedral Coeffs、XYZ、Bonds、Angles及Dihedrals。以上内容不需手动输入,大致步骤为:首先通过packmol生成整个体系的xyz文件,再通过d4lkcal-opls将mmol文件与xyz文件合成data.lammps文件。
在LAMMPS中,默认长度单位是埃(Angstrom),时间单位是飞秒(femtosecond)。所以,MSD的单位是埃的平方(Angstrom squared,简写为"A^2")。 接下来,我们将逐步介绍如何使用LAMMPS计算和分析MSD。 第一步,准备LAMMPS输入文件: 要进行MSD计算,首先需要准备一个输入文件(例如:input.in)来描述模拟系统和模拟参数。该文件应包括...