lammps msd 单位lammps msd 单位 在LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)中,MSD代表平均平方位移(Mean Square Displacement)。MSD是用来衡量粒子在一段时间内的平均位移的统计量。 在LAMMPS中,MSD的单位取决于你所选择的长度单位和时间单位。常见的长度单位包括埃(Angstrom)和纳米(nanometer)...
为简单起见,我们以一维的扩散为例讨论MSD与扩散系数D的关系。我们假设t时刻,x位置处的粒子数密度为 n(x,t) ,并以 J→(x,t) 表示粒子的流量(单位时间通过单位截面的粒子数)。则由扩散的菲克定律(Fick's law)可知,流量与数密度梯度的负值正比,有 J→=−D∇n(4) 其中D是扩散系数。考虑连续性方程,有...
但是纵坐标是MSD（Å2），然后使用lammps所得到的msd曲线的纵坐标（如图二，公众号中的）也是这个单位...
实例操作：VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关...
✅扩散系数、均方位移(MSD); ✅位错分析、表面张力、氢键寿命; ✅力学性能(模量,屈服强度,toughness等); ✅纳米压痕分析、玻璃化转变温度(Tg); ✅高分子拉伸过程链取向分析(结晶相关); ✅MDAnalysis后处理分析模拟轨迹。 02 讲师介绍 王老师:华算科技资深技术专家,六年以上LAMMPS软件重度使用经验。发表SCI...
lammps的rerun命令使用——通过读取已跑完的轨迹文件,补充新的或者漏算的计算(rdf、msd、能量、力等),无需重跑计算 摘要:一、参考资料: 1. lammps已跑完,不想重跑,如何补充新的计算 (来自小马老师,https://mp.weixin.qq.com/s/pDWaxcdq75hmMOdbG9hSNQ ) 2.lammps通过rerun进行rdf分析,来自: https://...
2.4. 计算RDF、MSD、扩散系数等物性并重现文献结果 2.5. 构建及对比DP、NEP、ACE等多种ML力场模型 第四部分 数据收集方法与应用 1. 理论部分 1.1. 公开数据集资源 1.2. 数据增强技术 a. 主动学习技术 b. AIMD+微扰等数据集扩充手段 c. 数据集数据集精简与筛选策略 ...
✅扩散系数、均方位移(MSD); ✅位错分析、表面张力、氢键寿命; ✅力学性能(模量,屈服强度,toughness等); ✅纳米压痕分析、玻璃化转变温度(Tg); ✅高分子拉伸过程链取向分析(结晶相关); ✅MDAnalysis后处理分析模拟轨迹。 王老师:华算科技资深技术专家,六年以上LAMMPS软件重度使用经验。发表SCI共10篇,并参与...
fix output_msd oxygen ave/time 10 200 ${interval} c_msd[1] c_msd[2] c_msd[3] c_msd[4] file ${filename1}-ice-msd.dat #时间步2000步内,取每隔10步取一个数,共200个数,进行平均 fix output_mmttemp all ave/time 10 200 ${interval} c_mmt c_mmtdown c_mmtup file ${filename1}...
3.如何计算均方位移MSD 4.如何计算径向分布函数g(r )以及fix ave/time命令 5.在lammps流体模拟中如何计算温度 6.如何计算单个原子的体积、位移和总能量 7.如何计算原子组的相互作用 8.如何绘制温度云图、速度云图 1.列举常用的lammps自带函数 1.xcm()计算原子组中心坐标 ...