它是随机运动中空间范围的最常见度量，可以被认为是对随机行者“探索”的系统部分进行度量。在生物物理学和环境工程领域，均方根位移是随时间测量的，以确定粒子是否仅由于扩散而扩散，或者对流力是否也存在作用。视频教学中以lammps里“compute msd”命令计算均方位移 (MSD)
2、跑的时候不要compute MSD或者compute RDF等等分析，而是较高频次地输出轨迹 3、跑完了把轨迹rerun...
MSD与扩散系数D之间的关系在二维和三维系统中有所不同。通过菲克定律，可以推导出一维扩散问题中MSD与D的关系。进一步地，MSD的计算在LAMMPS中可以通过指令实现，包含基础用法和进阶用法。基础用法中，`compute msd`指令用于计算MSD，可选参数包括减去质心漂移和设置参考位置为原子的平均位置。进阶用法涉及时间...
第一行代码使用compute msd 命令对所有原子的均方位移进行计算。 计算完成后会产生4个结果,保存到数组c_1[]。 其中,c_1[1]、c_1[2]、c_1[3]分别对应x、y、z三个方向的msd,c_1[4]为平均后的msd。 为输出方便,可把这4个msd结果保存到自定义变量。 最后一行使用fix print命令把步数和4个msd保存到msd...
compute myMSD all msd/atom命令用于计算每个原子的MSD。 fix out all ave/time 100 1 100 c_myMSD[*] file myMSD.dat mode vector命令用于将计算结果输出到myMSD.dat文件中,每隔100步输出一次,共输出1000次。 4. 运行LAMMPS模拟并收集数据 将上述脚本保存为一个.in文件(例如run.in),然后使用LAMMPS运行该...
在LAMMPS中,可以使用compute msd命令计算MSD。以下是使用LAMMPS进行MSD计算的示例命令: compute msd all msd com yes fix msdoutput all ave/time 1 100 100 c_msd[4] file msd.txt 在上述示例中,compute msd命令计算了所有原子的MSD值,com yes表示使用质心作为参考点来计算MSD。而fix msdoutput命令将计算得到...
2 msd msd计算材料的均方位移,msd计算与输出通过以下命令计算输出: compute ID group-ID msd keyword values ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中keyword = com或者average,值可以为yes或者no。
这是什么问题(O_O)？算出的扩散系数误差很大。或者说lammps中计算扩散系数只能用compute_msd计算么？有...
有些量是通过compute命令计算出来的量,如compute stress/atom命令会计算出每个原子的应力,这个应力就是一个矢量。 矢量可以使用dump命令输出,具体使用方法见: 没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法 lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足...
compute msd_CH4 CH4 msd com yes fix 5 CH4 ave/time 1 1 10000 c_msd_CH4 file msd_CH4 start 1000000 mode vector run 1000000 问题:导出来的文件出现了错误 dump.lammpstrj文件: ITEM: TIMESTEP 1000 ITEM: NUMBER OF ATOMS 3310 ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp 0 39.9 0 39.9 0 39.9 ITEM: ATOMS...