region deposit_re block 0 20 0 20 ${deposit_re_lo} ${deposit_re_up} units lattice compute add addatoms temp compute_modify add dynamic/dof yes extra/dof 0 variable nu_addatoms equal count(addatoms) variable nu_deposit equal count(deposit_re) variable current_step equal step fix mycount...
compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力,计算结果记为 s compute strea all reduce sum c_s[1] #将 s 里第一个值求和,计算结果记为 strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量 stressa= strea/vol, vol 是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_s...
fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿 x 方向拉伸,应变率为 0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力,计算结果记为 s compute strea all reduce sum c_s[1] #将 s 里第一个值求和,计算结果记为 strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量 stres...
设置:neighbor, neigh_modify, group, timestep, reset_ timestep, run_style, min_style, min_modify等。模拟过程 中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来 制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。 4. Run a simulation 通常run命令被设置在in文件的最后,使用run命 令来...
设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity FIXESfix, fix_modify, unfix Computes: compute, compute_modify, uncompute Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_sty...
6、t:恒定N、P、T对时间积分Unfix :Compute/compute-modify :输出选项Thermo :iTherm。命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。jThermo Ni每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 10g文件LOGThermo_style :!Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者| 文件事的内容。 (/doc/thermo_style...
20 compute ID groupID reduce mode=sum/min/max input1 9、input2 . 20 compute ID groupID stress/atom (keyword= ke/pair/bond/angle/dihedral/improper/kspace/fix) . 20 compute_modify computeID keyword value . 20 compute ID groupID temp . 21 compute ID groupID temp/com . 21 compute ID...
(2)compute temp/com 该命令首先计算原子组质心的速度,在计算温度时,去除质心速度。 使用方法: computemyTempmobiletemp/com 1. 重新计算温度后,可在thermo或者fix命令中使用新的命令,如用在nvt系综设置中: fix1flownvttemp3003000.1 fix_modify1tempmyTemp ...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算:compute,compute_modify,variable. 输出选项由thermo,dump,restart命令设置. (4)Runasimulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecularstatics),使用temper命令来进行paralleltempering(replica-exchange)simulation. ...
Compute/compute-modify: 输出选项 Thermo: Thermo命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者log文件 Thermo_style: Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者LOG文件中的内容。(http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html) Thermo_sty...