wattype12velocitywatcreate${T}${seed}rotyesdistgaussiancomputetwatwattempcompute_modifytwatdynamic/dofyesfixmynvtwatnvttemp${T}${T}0.1fix_modifymynvttemptwatfixmyshkwatshake1.0e-42000b1a1molh2omolcompute_modifythermo_tempdynamic/dofyesfixmygcmcwatgcmc100100009869${T}01mol&h2omolpressure10regionh2os...
region deposit_re block 0 20 0 20 ${deposit_re_lo} ${deposit_re_up} units lattice compute add addatoms temp compute_modify add dynamic/dof yes extra/dof 0 variable nu_addatoms equal count(addatoms) variable nu_deposit equal count(deposit_re) variable current_step equal step fix mycount...
Compute/compute-modify: 输出选项 Thermo: Thermo 命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N 个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log 文件 Thermo_style: Thermo_style 命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者 LOG 文件中的内容。(http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html)...
fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿 x 方向拉伸,应变率为 0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力,计算结果记为 s compute strea all reduce sum c_s[1] #将 s 里第一个值求和,计算结果记为 strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量 stres...
中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来 制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。 4. Run a simulation 通常run命令被设置在in文件的最后,使用run命 令来开始一个分子动力学模拟的过程。另外,使用 minimize命令来实施能量最小化计算。使用temper命 ...
(2)compute temp/com 先计算原子组的速度,然后在计算温度时,减去质心速度。 compute myTemp mobile temp/com # 计算mobile原子组在减去质心速度后的温度,储存在计算myTemp中 fix 1 flow nvt temp 300 300 0.1 fix_modify 1 temp mytemp ...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置. (4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics),使用temper命令来进行parallel tempering(replica-exchange) simulation. 1.4 ...
lammps中文命令 【讨论】lammps模拟时输入文件命令中文详解 1.1 LAMMPS input script 我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下几点: (1) lammps并不是将你的输...
neigh_modify exclude group solid solid #按比例删除薄膜原子 region membrane block-0.250.25INFINFINFINFdelete_atoms porosity membrane0.5482793#温度初始化 velocity fluid create1.04928459mom yes rot yes dist gaussian fix mynve all nve compute temperature_fluid fluid temp ...
打开pair_eam.cpp文件,首先关注里面定义的各个函数名,因为前面已经说过,lammps程序也是基于函数封装实现的,该势函数文件需要在调用中得到实现,随后发现有个名为void PairEAM::compute(~,~)的函数,简要阅读可以发现此处就是eam势的计算过程,包括嵌入势和对势。