compute1Cucom 以上命令计算原子组Cu的质心,质心可通过c_1[*]或者c_1[1]、c_1[2]、c_1[3]输出。 下面的案例分别使用以上两种方法计算Cu球的质心x坐标,并对两个结果进行对比。 #模型参数设置unitsmetaldimension3boundaryppptimestep0.001atom_stylefullneighbor2.0binneigh_modifydelay0every1checkyeslatticefcc3....
compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力,计算结果记为 s compute strea all reduce sum c_s[1] #将 s 里第一个值求和,计算结果记为 strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量 stressa= strea/vol, vol 是体积 compute streb all reduce sum c_s[2] variable stressb equalc_s...
fix 5 all deform 1000 x erate 0.002 units box #设置沿 x 方向拉伸,应变率为 0.002(1/ps) compute s all stress/atom #计算每个原子上的应力,计算结果记为 s compute strea all reduce sum c_s[1] #将 s 里第一个值求和,计算结果记为 strea variable stressa equal c_strea/vol # 定义变量 stres...
Compute/compute-modify: 输出选项 Thermo: Thermo 命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。 Thermo N 每隔N 个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 log 文件 Thermo_style: Thermo_style 命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者 LOG 文件中的内容。(http://lammps.sandia.gov/doc/thermo_style.html)...
设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity FIXESfix, fix_modify, unfix Computes: compute, compute_modify, uncompute Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_sty...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置. (4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics),使用temper命令来进行parallel tempering(replica-exchange) simulation. 1.4 ...
6、t:恒定N、P、T对时间积分Unfix :Compute/compute-modify :输出选项Thermo :iTherm。命令用于定义每隔一定时间步长输出一次采样内容。jThermo Ni每隔N个时间步长输出一次采样内容至屏幕或者 10g文件LOGThermo_style :!Thermo_style命令主要是用来说明采样的内容,即输出到屏幕或者| 文件事的内容。 (/doc/thermo_style...
有些量是通过compute命令计算出来的量,如compute stress/atom命令会计算出每个原子的应力,这个应力就是一个矢量。 矢量可以使用dump命令输出,具体使用方法见: 没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法 lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足...
neigh_modify exclude group solid solid #按比例删除薄膜原子 region membrane block-0.250.25INFINFINFINFdelete_atoms porosity membrane0.5482793#温度初始化 velocity fluid create1.04928459mom yes rot yes dist gaussian fix mynve all nve compute temperature_fluid fluid temp ...
20 compute ID groupID reduce mode=sum/min/max input1 9、input2 . 20 compute ID groupID stress/atom (keyword= ke/pair/bond/angle/dihedral/improper/kspace/fix) . 20 compute_modify computeID keyword value . 20 compute ID groupID temp . 21 compute ID groupID temp/com . 21 compute ID...