使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1dump.xyz - Domain Name For Sale | Dan.com dump_modify 1 element O H Na Cl 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的...
这六个参数分别指定全局起点、全局终点、全局间隔、局部起点、局部终点和局部间隔。 dump 1 ... variable tDump equal stride2(500,2000,500,1600,1900,100) dump_modify 1 every v_tDump quit 使LAMMPS退出进程。可以在debug中用于LAMMPS检测到某些状况时中止。 quit status status是可选的,可以是任意数值。一般...
使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1 dump.xyz dump_modify 1 element O H Na Cl 1. 2. 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的文件格式有限,如果用ovito查...
lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足模拟需求 日常使用: dump 1 all custom ${interval} ${filename1}.lammpstrj id type x y z #可看看平衡的轨迹
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种 keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相...
dump_modify 2 sort id fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解 fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect fix 4 all reax/c/species 1 1 4000 species.txt element O C H run 100000 运行(建议装lammps后, 安装一下Git软件,在Git bush here很好用哦) ...
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相应...
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相应...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算:compute,compute_modify,variable. 输出选项由thermo,dump,restart命令设置. (4)Runasimulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecularstatics),使用temper命令来进行paralleltempering(replica-exchange)simulation. ...
10 neigh_modify k 5、eyword values . 10 4. 输出 . 10 dump ID groupID bond/dcd/xtc/xyz/custom N file args . 10 dump_modify dumpID format/scale/image/flush/unwrap/every/precision/region/thresh values . 11 undump dumpID . 11 thermo_style one/multi/custom(args) . 11 thermo_modify ...