正如dump_modify可以用可变的时间步输出,restart文件也可以在可变的时间步保存。例如跑2000步,在1100-2000步每一步都写restart文件: variable s equal stride(1100,1200,1) restart v_s tmp.restart 当restart命令中没有使用通配符时,会自动在文件名末尾加上时间步。上面的命令会生成 tmp.restart.1100, tmp.restar...
使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1dump.xyz - Domain Name For Sale | Dan.com dump_modify 1 element O H Na Cl 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的...
使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1 dump.xyz dump_modify 1 element O H Na Cl 1. 2. 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的文件格式有限,如果用ovito查...
有些量是通过compute命令计算出来的量,如compute stress/atom命令会计算出每个原子的应力,这个应力就是一个矢量。 矢量可以使用dump命令输出,具体使用方法见: 没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法 lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足...
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种 keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相...
可以用 dump 命令 lammps dump 命令用法 dump ID group-ID style N file args （具体每个变量意思请查lammps说明文档）我一般用得比较简单，比如我在input script里面放上这几句：dump 5 all xyz 2000 model_change.xyz dump_modify 5 element Si Ge sort id format "%5s %28.16e %28.16e %...
dump_modify 1 element Cu run 0 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 第8~11行即为建模部分。这里使用的命令参数很简单,不做过多介绍。 外部建模 外部建模主要是通过数据文件 data file实现的,即只要你将你需要的构型以data file所要求的格式保存成...
中通过compute, compute_modify, variable等一些命令来 制定。而输出选项可以由thermo, dump, restart等一些 命令来设置。 4. Run a simulation 通常run命令被设置在in文件的最后,使用run命 令来开始一个分子动力学模拟的过程。另外,使用 minimize命令来实施能量最小化计算。使用temper命 ...
Dump file output dump文件输出由dump命令和dump_modify命令指定。有很多预先定义的格式,如dump atom、dump xtc等等。同样,有一种 用户指定输出各个原子的哪些属性的dump custom格式。可以指定预定义的keyword(如tag、x、fx)也可以指定另外三种keyword(即c_ID、f_ID、v_name,分别由compute、fix、variable命令提供相应...
1.`fix`:用于设置固定粒子组或边界条件的命令。 2.`atom_modify`:用于修改粒子属性,如质量、电荷等。 3.`pair_style`:设置粒子之间的相互作用模型。 4.`run`:执行模拟并更新粒子运动状态。 5.`dump`/`restart`:保存或恢复模拟结果。 五、高级功能 1.粒子相互作用模型:LAMMPS支持多种粒子相互作用模型,如Lenna...