因此,LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运...
在Neughbor类中decide()方法决定是否需要在当前时间步重建邻居列表(重建条件可以使用neigh_modify中的every/delay/check参数进行修改)。如果不需要重建,则通过Comm类中的forward_comm()方法获取每个处理器的ghost原子的坐标。如果邻居列表需要被重建,在伪代码中if条件语句中的一些操作会首先被调用。任何定义的fix中的pre...
力场系数使用以下命令设置(也可以通过文件读取):pair_coeff bond_coeff angle_coeff duhedral_coeff improper_coeff kspace_style dielectric special_bonds等 各种仿真参数的设置有:neighbor neigh_modify group timestep reset_timestep run_style min_style min_modify fix命令存在多种形式,可以施加各种边界条件,时间积...
因此,需要改变lammps默认设置,在list列表中保存ghost粒子的速度信息。 使用的命令为: comm_modify vel yes 1. 在in文件势函数代码之前添加这句命令后,程序就可以正常运行了: END 公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935 关注微信公众号:lammps加油站...
atom_modify first particles group rigid type 1 neigh_modify every 1 delay 0 check yes exclude molecule/intra all #热力学信息输出 thermo 1000 thermo_style custom step atoms ke thermo_modify flush yes lost warn comm_modify vel yes cutoff 3 ...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps 进行各种计算:compute,compute_modify, variable.输出选项由thermo, dump, restart命令设置.(4) Run a simulation使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics), 使用 temper 命令 来进行 parallel tempering(replica-exchange) simulatio n....
我觉得fix命令是lammps中很重要的一个命令,它包括很多子命令,可以施加一系列的边界条件、时间积分、诊断选项等等. 模拟过程中通过下面的命令制定lammps进行各种计算: compute, compute_modify, variable. 输出选项由thermo, dump, restart命令设置. (4)Run a simulation 使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...