因此,LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运...
在接下里时间步部分,在使用force_clear()置零每个原子的力矢量后,计算原子之间所有的相互作用力。如果newton flag通过newton命令被设置为on,受力会被加到处理器owned原子和ghost原子上,否则只加到owned(即当地)原子上。 对相互作用先会被计算,这允许全局维里(在Pair::compute()方法末尾以O(N)而不是O(N**2))...
力场系数使用以下命令设置(也可以通过文件读取):pair_coeff bond_coeff angle_coeff duhedral_coeff improper_coeff kspace_style dielectric special_bonds等 各种仿真参数的设置有:neighbor neigh_modify group timestep reset_timestep run_style min_style min_modify fix命令存在多种形式,可以施加各种边界条件,时间积...
设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity FIXES fix, fix_modify, unfix Computes: compute, compute_modify, uncompute Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_s...
模拟过程中通过下面的命令制定lammps 进行各种计算:compute,compute_modify, variable.输出选项由thermo, dump, restart命令设置.(4) Run a simulation使用run命令开始一个分子动力学模拟,用minimize命令来实施能量最小化(molecular statics), 使用 temper 命令 来进行 parallel tempering(replica-exchange) simulatio n....
comm_modify vel yes cutoff 3 #创建分子模型 molecule mymol molecule.data region pourreg block 5 115 5 55 60 80 side in units box #设置重力加速度 fix gravfix all gravity 9.8 vector 0 0 -1 disable #定义分子为刚体 fix rigidfix all rigid/small molecule mol mymol gravity gravfix ...
因此,需要改变lammps默认设置,在list列表中保存ghost粒子的速度信息。 使用的命令为: comm_modify vel yes 1. 在in文件势函数代码之前添加这句命令后,程序就可以正常运行了: END 公众号案例代码以及学习交流,请加QQ群:754749935 关注微信公众号:lammps加油站...
0.00Comm | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00Output | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00Modify | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00Other | | 0 | | | 0.00Nlocal: 32000 ave 32000 max 32000 minHistogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0Nghost: 19911 ave 19911 max 19911 minHistogram: 1 0 0 0 0 0 0 ...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...