因此,LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运...
最新版的LAMMPS共有近100个通用命令,目前WELSIM已经支持了36个命令,占全部命令的36%,且全部为核心命令,已经满足常用的分析。支持的命令如下。 控制命令:atom_modify, atom_style, boundary, comm_modify, comm_style, compute, compute_modify, create_atoms, create_bonds, create_box, dimension, displace_atoms,...
设定指令:communicate, dipole, group, mass, min_modify, min_style, neigh_modify, neighbor, reset_timestep, run_style, set, shape, timestep, velocity FIXES fix, fix_modify, unfix Computes: compute, compute_modify, uncompute Output: dump, dump_modify, restart, thermo, thermo_modify, thermo_s...
控制命令：atom_modify, atom_style, boundary, comm_modify, comm_style, compute, compute_modify, c...
在Neughbor类中decide()方法决定是否需要在当前时间步重建邻居列表(重建条件可以使用neigh_modify中的every/delay/check参数进行修改)。如果不需要重建,则通过Comm类中的forward_comm()方法获取每个处理器的ghost原子的坐标。如果邻居列表需要被重建,在伪代码中if条件语句中的一些操作会首先被调用。任何定义的fix中的pre...
最新版的LAMMPS共有近100个通用命令,目前WELSIM已经支持了36个命令,占全部命令的36%,且全部为核心命令,已经满足常用的分析。支持的命令如下。 控制命令:atom_modify, atom_style, boundary, comm_modify, comm_style, compute, compute_modify, create_atoms, create_bonds, create_box, dimension, displace_atoms,...
使用的命令为: comm_modifyvelyes 1. 在in文件势函数代码之前添加这句命令后,程序就可以正常运行了: lammps in文件编写相对复杂,如果在lammps模拟过程中遇到问题,可以在文章后面留言,也可以加QQ群或者微信联系我,在模拟过程中如果感觉有困难,可以报名参加一对一的咨询和指导,由我来帮你快速解决问题。 ...
comm_modifyvelyes kspace_styleewald1.0e-6 pair_styleborn/coul/long/cs20.020.0# A, rho, sigma=0, C, D pair_coeff**0.01.0000.000.000.00 pair_coeff33487.00.237680.001.050.50#Na-Na pair_coeff34145134.00.237680.006.998.70#Na-Cl pair_coeff44405774.00.237680.0072.40145.40#Cl-Cl ...
以下列出的LAMMPS命令以按类分好,其分类情况如下: 初始化指令:atom_modify, atom_style, boundary, dimension, newton, processors, units 原子定义指令:create_atoms, create_box, lattice, read_data, read_restart, region, replicate 力场指令:angle_coeff, angle_style, bond_coeff, bond_style, dielectric, ...
Modify/:包含修改和扩展核心功能的模块。 Comm/:包含粒子通信的模块。 Group/:包含粒子分组的模块。 Domain/:包含模拟域的模块。 Neighbor/:包含邻近列表生成的模块。 Update/:包含时间步进和更新的模块。 Minimize/:包含能量最小化的模块。 Region/:包含区域定义的模块。