LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
例如: PairCoeffs#lj/cut10.0382.4420.0193.01 上述命令分别设置了原子1之间受力、原子2之间的受力,没有设置原子1和原子2之间的受力。 对于1和2之间的lj/cut参数,lammps提供了三种拟合公式(参见pair_modify命令),默认的公式为: 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. ...
Pair Coeffs # lj/cut 1 0.038 2.44 2 0.019 3.01 上述命令分别设置了原子1之间受力、原子2之间的受力,没有设置原子1和原子2之间的受力。 对于1和2之间的lj/cut参数,lammps提供了三种拟合公式(参见pair_modify命令),默认的公式为: 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。
正如dump_modify可以用可变的时间步输出,restart文件也可以在可变的时间步保存。例如跑2000步,在1100-2000步每一步都写restart文件: variable s equal stride(1100,1200,1) restart v_s tmp.restart 当restart命令中没有使用通配符时,会自动在文件名末尾加上时间步。上面的命令会生成 tmp.restart.1100, tmp.restar...
关于lammps中的pair_modify，其中的table tabinner看了手册也不是很明白，请高手指导，另外 shift 和...
pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置,例如newton, processors, boundary, atom_modify等。
neigh_modify every 1 delay 0 check yes #读取模型 read_data co2.data group CO2 type 1 2 #势函数类型设置 pair_style lj/cut/coul/cut 12.0 bond_style harmonic angle_style harmonic pair_modify mix geometric #参数设置 pair_coeff 1 1 0.0537 2.80 ...
pair_modify shift yes 其中,lj/cut/coul/long表示采用Lennard-Jones势和长程库伦相互作用势计算分子间相互作用,10.0为剪切半径。1 1表示对第1种原子作用力。1.0 1.0 10.0表示切割距离、吸引力深度和半径。 5. 定义温度和压强 使用fix命令定义温度和压强,以实现NPT模拟。例如: fix 1 all npt temp 300.0 300.0 ...
力场的设置分两步，首先设置力场类型，如pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_...
实时输出两个原子z坐标的差值，即可表示为裂纹的扩展宽度。如果模拟过程提示错误，需要加这句命令 ...