因此,LAMMPS势函数命令是学习的重点。 LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运...
#模型基本设置unitsmetalboundarypssatom_styleatomictimestep0.001neighbor2binneigh_modifyevery1delay0checkyes#建模latticefcc4.05regionboxblock-1010-55-55create_box1boxregion1blockINFINF-22-22create_atoms1region1mass*27#力场设置pair_styleeam/fspair_coeff**Al1.eam.fsAl#分组regionleftblockINF-36INFINFINF...
控制命令：atom_modify, atom_style, boundary, comm_modify, comm_style, compute, compute_modify, create_atoms, create_bonds, create_box, dimension, displace_atoms, dump, dump_modify, echo, fix, group, include, lattice, log, mass, neigh_modify, neighbor, newton, pair_coeff, pair_modify, pai...
compute1Cucom 以上命令计算原子组Cu的质心,质心可通过c_1[*]或者c_1[1]、c_1[2]、c_1[3]输出。 下面的案例分别使用以上两种方法计算Cu球的质心x坐标,并对两个结果进行对比。 #模型参数设置unitsmetaldimension3boundaryppptimestep0.001atom_stylefullneighbor2.0binneigh_modifydelay0every1checkyeslatticefcc3....
pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 0.3 bin neigh_modify every 20 delay 0 check no fix 1 all nvt temp 0.5 0.5 0.01 fix 2 all enforce2d #--- Run MD Simulation --- dump 1 all custom 100 toEquil.lammpstrj id type x y...
这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 1.6 lj/cut参数设置案例 、 ) Cr-Cr: 0.502 2.336 Fe-Fe: 0.527 2.321 1. 2. Cr-Fe的lj/cut参数就可以使用默认的公式进行拟合,经过拟合后的Cr-Fe参数为: ...
pair_style swpair_coeff * * mW.sw H2O （二）Core Commands and Result Analysis.The next step is to perform a relaxation of the system at 200 K.fix （三）模拟过程与结果解读在LAMMPS中，我们首先定义了粗粒化水模型所使用的SW势能参数。接着，通过简单的核心命令，将体系在200K温度下进行弛豫。这一...
neigh_modify every 1 delay 0 check yes box lattice fcc 3.61 region box block 0 10 0 5 0 10 create_box ```这些步骤是LAMMPS模拟中设置模拟空间和边界条件的关键部分。△ 原子创建与分组 在这段代码中，我们首先定义了两个模拟盒子，这通常是为了模拟具有不同边界条件或尺寸的系统。接着，我们使用...
create_box 1 box # 定义原子类型和数量 create_atoms 1 box # 设置原子质量 mass 1 1.0 # 定义力场 pair_style lj/cut 2.5 pair_coeff 1 1 1.0 1.0 # 设置模拟参数 neighbor 2.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes # 运行模拟 fix 1 all nve run 1000 # 输出模拟结果 write_data output...