LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
1.ERROR: Unrecognized pair style 'reaxff' is part of the REAXFF package which is not enabled in this LAMMPS binary. (../force.cpp:279) ERROR: Unrecognized pair style 'reaxff' is part of the REAXFF package which is not enabled in this LAMMPS binary. (../force.cpp:279) 这是由于未...
对势(pair_style)相关的参数通常由pair_coeff命令指定或者使用 read_data、read_restart 命令从文件中读取。 pair_modify命令在 LAMMPS中用于设置原子对之间相互作用系数的混合规则以及为Lennard-Jones势添加能量偏移(势函数作用强度从截断半径处逐渐过渡到 0)或尾部修正(尾部修正是分子动力学模拟中用于弥补截断距离引入误...
1 0.038 2.44 2 0.019 3.01 上述命令分别设置了原子1之间受力、原子2之间的受力,没有设置原子1和原子2之间的受力。 对于1和2之间的lj/cut参数,lammps提供了三种拟合公式(参见pair_modify命令),默认的公式为: 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. lj/cut参数如何...
这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 1.6 lj/cut参数设置案例 、 ) AI检测代码解析 Cr-Cr: 0.502 2.336 Fe-Fe: 0.527 2.321 1. 2. Cr-Fe的lj/cut参数就可以使用默认的公式进行拟合,经过拟合后的Cr-Fe参数为: ...
pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置,例如newton, processors, boundary, atom_modify等。
pair_coeff 1 1 0.006722 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 527.20 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 37.95 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.0001 neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 ...
thermo_style custom step temp vol lx ly lz press epair evdwl ecoul elong ebond eangle pe ke etotal v_zLength (2)fix print命令 thermo命令输出的数据需要单独从log文件中复制出来,如果数据较多就会比较麻烦,比较简单方式是把数据输出到一个单独的文件。
pair_coeff 2 2 0.0 2.058 #H-H非键相互作用 group gSPCE type 1 2 #将1,2原子设定为组 fix fShakeSPCE gSPCE shake 0.0001 10 100 b 1 a 1 #SHAKE算法令水分子为刚性 timestep1.0#时间步长 dump 1 all custom 1000 traj.lammpstrj id mol type q x y z#输出格式 dump_modify 1 sort id#按...