LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
pairstyle lj/cut 2.5 paircoeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 0.3 bin # 设置影响成对邻居列表构建的参数 neigh_modify delay 0 every 20 check no # 用于控制构建相邻节点列表的频率以及列表中存储哪些对 4. 定义输出原子(坐标)/ 体系(热力学)信息 thermo 1000 # # 输出频率 step = timestep lx ly lz ...
#模型参数设置unitsmetaldimension3boundaryppptimestep0.001atom_stylefullneighbor2.0binneigh_modifydelay0every1checkyeslatticefcc3.61regionboxblock-1010-1010-1010create_box1boxregioncusphere00010unitsboxcreate_atoms1regioncu#势参数设置pair_styleeam/fspair_coeff**Cu1.eam.fsCu#原子分组groupCutype1#计算重心var...
1 0.038 2.44 2 0.019 3.01 上述命令分别设置了原子1之间受力、原子2之间的受力,没有设置原子1和原子2之间的受力。 对于1和2之间的lj/cut参数,lammps提供了三种拟合公式(参见pair_modify命令),默认的公式为: 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. lj/cut参数如何...
这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 1.6 lj/cut参数设置案例 、 ) Cr-Cr: 0.502 2.336 Fe-Fe: 0.527 2.321 1. 2. Cr-Fe的lj/cut参数就可以使用默认的公式进行拟合,经过拟合后的Cr-Fe参数为: ...
thermo_style custom step temp vol lx ly lz press epair evdwl ecoul elong ebond eangle pe ke etotal v_zLength (2)fix print命令 thermo命令输出的数据需要单独从log文件中复制出来,如果数据较多就会比较麻烦,比较简单方式是把数据输出到一个单独的文件。
pair_coeff 1 1 0.006722 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 527.20 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 37.95 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.0001 neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 ...
pair_modify mix arithmetic tail yes kspace_style ewald 0.0001 bond_style harmonic angle_style harmonic # box, start molecules on simple cubic lattice lattice sc 3.2 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 2 box & bond/types 1 & ...
pair_coeff 2 2 0.0 2.058 #H-H非键相互作用 group gSPCE type 1 2 #将1,2原子设定为组 fix fShakeSPCE gSPCE shake 0.0001 10 100 b 1 a 1 #SHAKE算法令水分子为刚性 timestep1.0#时间步长 dump 1 all custom 1000 traj.lammpstrj id mol type q x y z#输出格式 dump_modify 1 sort id#按...
(0.5表示半个晶格常数) create_atoms 1 box #在box区域内建立类型为1的原子 pair_styleeam #定义原子之间作用势为嵌入原子势 pair_coeff * * Ni_u3.eam #指定嵌入势参数文件Lammps计算输入文件 neighbor0.3 bin #指定原子近邻列表参数rc+r1中的r1 neigh_modify delay 5 #指定近邻表更新频率 regionlower block...