LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
关于lammps中的pair_modify，其中的table tabinner看了手册也不是很明白，请高手指导，另外 shift 和...
PairCoeffs#lj/cut10.0382.4420.0193.01 上述命令分别设置了原子1之间受力、原子2之间的受力,没有设置原子1和原子2之间的受力。 对于1和2之间的lj/cut参数,lammps提供了三种拟合公式(参见pair_modify命令),默认的公式为: 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. lj/cut...
不同的力场有不同的pair_style,模拟中要根据对象选择合适的pair_style。LAMMPS集成了目前几乎所有的pair_style。模拟时只需要根据对象进行选择即可。pair_style对于绝大多数模拟都需要定义。不同的pair_style具有不同的语法,具体可查阅手册。pair_style中一般会定义截断半径的大小。以最简单的包含范德华的pair_style为...
这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. lj/cut参数如何获取? 大多数原子lj/cut参数都可以从文献中查到,如果实在找不到某两种原子之间的lj/cut参数,可以使用上面的公式进行计算。 例如,查文献得到Cr-Cr和Fe-Fe的参数为(epsilon、sigma): ...
pair_modify mix geometric #参数设置 pair_coeff 1 1 0.0537 2.80 pair_coeff 2 2 0.1570 3.05 bond_coeff 1 1000 1.16 angle_coeff 1 1000 180.0 thermo 100 #温度初始化 velocity all create 300 8989 #刚体设置 fix 1 CO2 rigid/nve molecule ...
pair_modify shift yes bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style ewald 1.0e-6 read_data P0.0001GPaeq-zlength.data #MS导出的data文件 set type 1 charge 1.50133929 #ao 由1.575改为1.49507186 set type 2 charge 2.03265323 #st 由2.1改为 ... ,为了实现电荷平衡 set...
力场的设置分两步，首先设置力场类型，如pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_...
pair_modify mix arithmetic tail yes kspace_style ewald 0.0001 bond_style harmonic angle_style harmonic # box, start molecules on simple cubic lattice lattice sc 3.2 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 2 box & bond/types 1 & ...
pair_coeff 1 2 lj/cut 0.048427138 1.41964710735663 pair_coeff 1 1 lj/cut 0.10492547 1.7155 pair_modify mix arithmetic kspace_style none group CA type 1 fix 1 CA setforce 0.0 0.0 0.0 thermo 200 thermo_style custom step temp pe etotal press vol ke enthalpy evdwl ...