LAMMPS中的pair_style,pair_coeff和pair_modify三个命令设置了势函数的类型和参数。neighbor, neigh_modify, comm_style和comm_modify四个命令设置了邻域列表建立和计算单元通讯,会显著影响势函数计算的效率。通常,分子动力学模拟中最耗时的步骤并不是力-加速度-速度-位移的积分运算,而是势函数的计算。因此,本文将详细...
任何之前的pair_coeff 和 pair_modify 命令设置将被保留。唯一例外的是,如果 pair_style 命令中全局截断距离被修改,它将覆盖之前任何 pair_modify 命令 中对应的截断距离。 不遵循此规则的两个对势样式是 pair_style table 和hybird 命令。新的 pair_style 命令将清除所有之前指定的 pair_coeff 和 pair_modify ...
不同的力场有不同的pair_style,模拟中要根据对象选择合适的pair_style。LAMMPS集成了目前几乎所有的pair_style。模拟时只需要根据对象进行选择即可。pair_style对于绝大多数模拟都需要定义。不同的pair_style具有不同的语法,具体可查阅手册。pair_style中一般会定义截断半径的大小。以最简单的包含范德华的pair_style为...
#pair_style 参数设置:氧原子类型,氢原子类型,键类型,角类型,虚原子距离,截断半径 bond_style harmonic #键类型 angle_style harmonic #角类型 kspace_style pppm/tip4p 1.0e-4 #长程库仑力算法 pair_modify shift yes mix arithmetic read_data H20.data #设置力场参数 pair_coeff 1 1 0.1852 3.1589 #O-O...
pair_coeff 1 1 lj/cut 0.10492547 1.7155 pair_modify mix arithmetic kspace_style none group CA type 1 fix 1 CA setforce 0.0 0.0 0.0 thermo 200 thermo_style custom step temp pe etotal press vol ke enthalpy evdwl epair ebond eangle edihed ...
pair_style: 相互作用力场类型,例如范德化势或者硬球势等。 bond_style: 键合相互作用势类型。 angle_style: 键角作用势类型。 dihedral_style: 二面角作用势类型。 improper_style: 混合作用势类型。 其他还有一些参数设置,例如newton, processors, boundary, atom_modify等。
没有输出,再好的模拟也没用:dump命令4种用法 lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观 以上4种命令是lammps模拟中常见的输出命令,灵活使用这几种命令足以满足模拟需求 日常使用: dump 1 all custom ${interval} ${filename1}.lammpstrj id type x y z #可看看平衡的轨迹...
这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 3. lj/cut参数如何获取? 大多数原子lj/cut参数都可以从文献中查到,如果实在找不到某两种原子之间的lj/cut参数,可以使用上面的公式进行计算。 例如,查文献得到Cr-Cr和Fe-Fe的参数为(epsilon、sigma): ...
1. 报错：未识别的pair style 'reaxff'，这是由于未安装所需包。解决方法：安装包后编译，覆盖环境变量路径。2. 报错：无效浮点数 'H'，可能需要手动分配节点，使用processors命令，注意并行命令与核数匹配。3. 报错：未知标识符在数据文件中，常见原因是头数据和节数据不一致，检查数据文件，确保一致...
pair_style gran/hertzian 如下命令实现特定于颗粒系统的固定选项: fix freeze fix pour fix viscous fix wall/gran 固定样式freeze将冻结原子的力和力矩归零,并且应用于颗粒系统而不是固定样式setforce。 为了计算效率,可以使用以下命令消除冻结原子之间的不必要的成对计算: neigh_modify exclude 6.将Lammps与其他代码...