pair_modify mix arithmetic special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.8333 bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style fourier # --- Atom Definition Section --- read_data "system.data" # --- Settings Section --- # -- Non-bonded interactions --pair_coeff1 1 0.107800 3.397710...
pair_style lj/charmm/coul/long 9.0 10.0 10 # params needed: epsilon sigma bond_style harmonic # parameters needed: k_bond, r0 angle_style harmonic # parameters needed: k_theta, theta0 kspace_style pppm 0.0001 # long-range electrostatics sum method pair_modify mix arithmetic # using Lorenz-...
pair_modify mix arithmetic kspace_style none group CA type 1 fix 1 CA setforce 0.0 0.0 0.0 thermo 200 thermo_style custom step temp pe etotal press vol ke enthalpy evdwl epair ebond eangle edihed minimize 0 0 100000 1000000 special_bonds charmm dump npt all dcd 5000 ionized-npt.dcd fix...
atom_style full pair_style lj/cut/coul/long 10 8.5 pair_modify mix arithmetic #CLAYFF力场中的参数组合形式 pair_modify shift yes bond_style harmonic angle_style harmonic kspace_style ewald 1.0e-6 read_data P0.0001GPaeq-zlength.data #MS导出的data文件 set type 1 charge 1.50133929 #ao 由1.575...
pair_style lj/cut 10.0 pair_modify mix arithmetic read_data data.final_0.3 replicate 1 1 1 group A_C type 3 group CH4 type 1 2 timestep 0.5 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 check yes velocity CH4 create 300.0 4928459 fix freeze A_C setforce 0.0 0.0 0.0 minimize 1....
1.mix geometric(默认公式) 2.mix arithmetic 3.mix sixthpower 这个拟合过程由lammps自动完成,不需要人为干预,pair_modify命令可以选择拟合方式。 1.6 lj/cut参数设置案例 、 ) Cr-Cr: 0.502 2.336 ...
pair_modifymixarithmetictailyes special_bondslj/coul0.00.00.5angleyes #读取data文件和力场参数文件 read_datadata.lammps includePARM.lammps #分组 groupwattype12 groupCartype3 #固定水分子键角 fixmyshkwatshake1.0e-42000b1a1 fixmynveallnve #对水进行控温,温度计算去除流动方向的速度影响 ...
pair_modify mix arithmetic tail yes kspace_style ewald 0.0001 bond_style harmonic angle_style harmonic # box, start molecules on simple cubic lattice lattice sc 3.2 region box block 0 10 0 10 0 10 create_box 2 box & bond/types 1 & ...
pair_coeff 2 2 1.4564 0.0252 2.5 pair_modify mix arithmetic 如果我的第一行改为：pair_co...
pair_modify mix arithmetic#非键相互作用的混合方法 kspace_style pppm 0.0001#计算长程库仑力的方式 read_data system.data #读入结构文件 bond_coeff 1 1000.0 1.0 #键参数 angle_coeff1 1000.0 109.47 #键角参数 pair_coeff 1 1 0.1553 3.166 #O-O非键相互作用 pair_coeff 2 2 0.0 2.058 #H-H非键相...