dump_modify 1 element Ti Ni dump_modify 1 sort id dump 2 all custom 20 dump.property_*.atom id mass type f_2[1] f_2[2] f_2[3] dump_modify 2 element Ti Ni dump_modify 2 sort id run 20 unfix 1 dump1用于我手动平均;dump2使用compute property/atom+fix ave/atom进行平均。 使用不...
dump 1 all custom 1000 name.dump id type xs ys zs ix iy iz dump_modify 1 sort -1 得到lammps下的轨迹文件后。 进入lmp2arc工具下的src目录,输入make进行编译得到 lmp2arc.exe可执行文件,将该可执行文件路径添加到环境变量中 在工作目录中要有以下文件 .car文件,dump文件 然后在终端输入 lmp2arc.exe...
dump 1 all custom 4000 dump.dsw id type q x y z #轨迹文件放进ovito dump_modify 1 sort id dump 2 all xyz 4000 dump.xyz dump_modify 2 sort id fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解 fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect fix 4 all reax/c/species 1 1 4...
dump_modify 1（具体对应你的dump 的ID） sort id
dump 1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z dump_modify 1 sort 1 first no log log.lammps run 1000000 undump 1 unfix 2 fix 3 CH4 nve fix 4 CH4 temp/rescale 100 1.0 1.1 0.02 0.5 dump 2 all custom 10000 nve.lammpstrj id type xu yu zu dump_modify 2 sort 1 dump 3 all...
可以用 dump 命令 lammps dump 命令用法 dump ID group-ID style N file args （具体每个变量意思请查lammps说明文档）我一般用得比较简单，比如我在input script里面放上这几句：dump 5 all xyz 2000 model_change.xyz dump_modify 5 element Si Ge sort id format "%5s %28.16e %28.16e %...
dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #设置偏差控制精度提示,步数,步数,键和角 fix 2 all nve #系综,后面可跟定义的参数 fix 3 all temp/rescale 1 300 300 1 1.0 1.0 #minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化参数,指数越大最小化成都越深...
dump 1 all custom 1000 traj.lammpstrj id mol type q x y z#输出格式 dump_modify 1 sort id#按原子id排序 fix fxnpt all npt temp 300.0 300.0 100.0 iso 1.0 1.0 1000.0 drag 1.0#npt系综 run50000 unfix fxnpt#解除npt fix fxnvt all nvt temp 300.0 300.0 100.0#nvt系综nose-hoover热浴 thermo...
分子模拟-晶体熔点计算LAMMPS 本教程通过分子模拟的方法来计算氩气在常压下的熔点。通过将界面系统在不同温度的NPT系综下弛豫，观察体系的平衡体积来确定熔点。主要步骤为：1.构建固体-液体的界面系统。初始构型 2.在每个设定温度下进行一次NPT系综的MD模拟，达到平衡。3.统计系统最后的体积。在模拟过程中，若设置的...
compute 1 all ptm/atom fcc-hcp-bcc-ico 0.22 dump 3 all custom 1000 ptm.${run_no}.atom id c_1[*] dump_modify 3 sort id In addition, there are no errors with this input file and v7Aug2019. LAMMPS Version and Platform Latest and previous stable versions: 29Aug2024 and 2Aug2023 ...