使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1dump.xyz - Domain Name For Sale | Dan.com dump_modify 1 element O H Na Cl 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的...
使用的命令为dump_modify element. 这个命令比较简单,在element后面按照data文件中mass列表中的顺序指定对应的元素即可: dump 1 all xyz 1 dump.xyz dump_modify 1 element O H Na Cl 1. 2. 在ovito中打开dump.xyz,显示效果比之前要好很多: 需要注意的是,dump_modify element支持的文件格式有限,如果用ovito查...
(1)lammps输出部分 本文还是以Cu熔化为例,dump命令改为: dump 1 all custom 100 dump_*.lmc id mass type element xu yu zu dump_modify 1 element Cu 模拟完成后,会得到若干个.lmc文件 (2)Ovito转换 选择特定步数的lmc文件,导入到ovito中 选择“File”-“Export file” 在弹出的窗口中选择最后一个".xyz...
pair_coeff * * /home/xbduan/lammps/potentials/Cu_u3.eam dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs dump_modify 1 element Cu run 0 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 第8~11行即为建模部分。这里使用的命令参数很简单,不做过多介绍。
后面那句dump_modify是用来跟进调整dump命令的。element是定义输出数据的第一列的原子名字是什么。我做SiGe这种材料，会用到两种不同原子Si和Ge，所以定义一下。因为lammps计算时，内部是用数字区分不同原子的，比如我这里Si系统用1代表，Ge用2代表。如果不定义element名字，那么系统（我猜）每一行会输出 ...
不过不修改的话都是默认的 C .(如dump 1 all custom 1 MCM.mol id x y z element )。而 dump...
dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs dump_modify 1 element Cu run 0 第8~11行即为建模部分。这里使用的命令参数很简单,不做过多介绍。 稍微复杂的模型构建,我会专门开博文介绍。 外部建模 外部建模主要是通过数据文件 data file实现的,即只要你将你需要的构型以data file所要求的格式保存成文件...
4 velocity all create 300 12345 mom yes rot nofix 1 all npt temp 300 300 1 iso 0 0 1 drag 1# Use cfg for Ovito#dump 1 all custom 10 dump.comp.* id type xs ys zs c_csym c_eng c_strs[1]& c_strs[2] c_strs[3]#dump_modify 1 element BN# Set thermo outputthermo 1000...
dump 1 all cfg 1 a*.cfg id type xs ys zs dump_modify 1 element Cu run 0 第8~11行即为建模部分。这里使用的命令参数很简单,不做过多介绍。 外部建模 外部建模主要是通过数据文件 data file实现的,即只要你将你需要的构型以data file所要求的格式保存成文件,就能够被LAMMPS读入,而建立模型。
dump 2 all cfg 2000 dump.relaxtion_*.cfg mass type xs ys zs c_csym c_peratom fx fy fz dump_modify 2 element Si # Run for at least 10 picosecond (assuming 1 fs timestep) run 100000 unfix 1 undump 2 # Store final cell length for strain calculations variable tmp equal "ly" var...