程序使用方法:复制一下代码,保存为msd.py文件,和dump.xyz保存到一个文件夹中,使用命令行进入该文件夹,输入命令: pythonmsd.py 程序运行结束,会自动生成msd_data.txt文件 对应的python代码为: #导入需要的各种模块fromovito.ioimportimport_file,export_filefromovito.modifiers
对于MD模拟数据后处理,LAMMPS内的compute command可以进行简单的RDF、配位数、ADF和MSD等的计算,更多的分析可以借助别人造好的轮子(开源程序)进行计算,对于个性化的分析就要自己去编程了。此系列收集整理后处理程序的用途,以备不时之需。 ISAACS可对由LAMMPS模拟得出的分子构型(data文件或轨迹文件)进行后处理分析的程序...
图中是对LI+进行计算的MSD，考虑LJ和Coul力作用。目的是看离子迁移路径，帮忙看看输出的MSD为什么会这样...
1. compute msd 计算的是什么? Q : I am trying to use compute msd and the manul says the calculation results is: The 4th element is the total squared displacement, i.e. (dx*dx + dy*dy + dz*dz) I am wondering this dx dy dz each step are for the Xi and the X0. Or it means...
请问你解决了吗？可以告诉我，怎么对lammps进行后处理吗？我要得到温度，压力，msd，rdf，熵，焓等这些...
8.5 模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 实例操作:VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析。 公众号:科研硕博 https://mp.weixin.qq.com/s/VBur2AfMso3eir_DvcwCkw...
8.5 模拟步骤:包括能量最小化NVT平衡,对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 8.6 采用VMD查看动态轨迹 8.7 数据分析,计算RDF,MSD,密度分布,选择性等。 实例操作:VMD中查看可视化的动态轨迹,计算密度分布,分子的MSD等,抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据,对轨迹进行初步分析。
处理纳米颗粒表面RDF时,建议采用球坐标系分段统计。注意rdf命令默认包含所有原子类型组合,混合体系需要指定type列表防止数据混淆。 掌握这些方法后,可将RDF分析扩展到动态过程研究。例如追踪相变过程中特征峰位移,或结合MSD数据计算结构弛豫时间。这些关联分析能更完整地揭示材料的结构-动力学关系,为后续设计功能材料提供微观...
lammps后处理及使用技巧 分享一组常用金属的晶格常数 平均值输出fix ave/time命令详解 应力-应变数据的计算与输出 均方位移MSD计算方法介绍 径向分布函数g(r)的计算与输出方法...
前后处理功能相对较弱；对一些复杂体系初始构型的建立表现不是很尽如人意，可以用lammps提供的read_data命令读入一个data文件；Lammps没有图形界面，无法直观的看到所模拟的系统，可以采用其他的一些可视软件，如VMD等；计算结果的数据处理也不是很方便，需要自己编程进行进一步的处理。Lammps的使用 Lammps本身没有图形...