对于read_data命令来说,如果模拟盒子还不存在,则不能使用add关键词;如果使用了creat_box命令或者先前的read_data命令存在模拟盒子,则必须使用add关键词。 如果第一个read_data命令定义了一个正交、限制三斜、一般三斜的模拟盒子,那么后续的数据文件中必须定义相同类型的模拟盒子。模拟盒子的类型必须保持一致。GPT同学来...
extra关键字只能在第一次使用read_data命令时使用。如果您打算稍后使用附加的read_data命令添加新的atom、bond、angle等类型,那么它们非常有用。这是因为在初始化系统时,LAMMPS设置了允许的原子、键和角度等类型的最大数目。如果不使用extra关键字,那么这些类型的数量将限制于您读取的第一个数据文件中。例如,如果第一...
如果只需要读取一个data文件,直接将文件名写到read_data命令的后面即可: read_dataFe.data 1. read_data命令支持在一个lammps代码中读取多个data文件,将不同的结构组装为一个复杂的体系。 当然,复杂体系的建模也可以在建模软件里面完成,但有些情况下,使用read_data命令会更加灵活。 比如两部分结构分别进行弛豫,达到...
如果不希望overlap删除分子内的键合,可以使用special_bonds命令避免建立相应的邻域列表。 关键字bond不能用于使用分子模板定义的分子体系,例如命令molecule和atom_style template。 3. read_data
通过read_data或read_restart命令从data或restart文 件读入，这些文件可以包含分子拓扑结构信息，这 一方法...
在lammps模拟中,常用的建模方法有两种,一种是完全使用lammps自带命令建模,另一种是使用read_data命令读入其它软件模型。 在lammps模拟中,有时候也会同时使用以上两种方法:使用read_data读入模型文件后,再用lammps自带命令添加其它类型的原子。 如本例中,使用Atomsk建立了一个Cu基底模型,保存为Cu.lmp文件。
涉及命令:units、boundary、read_data、read_restart 一、in文件编写思路 大致in文件编写思路 二、对全局进行设置 1.单位的设置(units) 示例:units real 比较常用的单位有real、metal、lj等等,大家可以根据自己做的系统进行选择,至于每个命令的详细内容,大家可以进官网查找,单位换算可以用李继存老师提供的网站进行换算,...
data文件中的力场参数 准备工作完成,下一步就是in文件的编写。和前面介绍的几个金属案例不同,聚合物的基本设置有些变化。单位制使用的是real单位制,并且原子类型使用的是full。模型建立部分使用的是read _data命令,读取之前生成的聚乙烯data文件。 聚乙烯拉伸in文件基本设置 ...
region这个命令默认是拥有 units lattice，因为你没有设置lattice parameter所以会报错。默认情况下你这里...