同样,extra special per atom设置也已被弃用,应该使用extra/special/per/atom设置。这个设置可以在LAMMPS 数据结构中预分配空间,以存储这些特殊的邻居关系。 应用场景: 这种设置适用于那些需要更多特殊邻居信息的情况,如新分子的添加。LAMMPS 会为这些特殊邻居(如1-2、1-3、1-4 邻居)预留空间。 3.extra设置的适用...
lammps教程:read_data命令构建复杂组合模型 在前面的教程中,我们已经知道,lammps建模方法有两种,可以使用lammps自带的建模命令建模,也可以使用第三方软件建模。 如果使用第三方软件建模,必须将模型文件转换为lammps可以识别的data文件,不同的建模方式转换方法有所不同。 Material studio软件建模完成导出car文件,可通过msi2lm...
如果使用第三方软件建模,必须将模型文件转换为lammps可以识别的data文件,不同的建模方式转换方法有所不同。 Material studio软件建模完成导出car文件,可通过msi2lmp软件转化为data文件,Atomsk软件建模完成可以直接导出data文件。 假设现在已经有了data文件,我们就可以使用read_data命令将模型读入到lammps中,read_data命令的...
在lammps模拟中,常用的建模方法有两种,一种是完全使用lammps自带命令建模,另一种是使用read_data命令读入其它软件模型。 在lammps模拟中,有时候也会同时使用以上两种方法:使用read_data读入模型文件后,再用lammps自带命令添加其它类型的原子。 如本例中,使用Atomsk建立了一个Cu基底模型,保存为Cu.lmp文件。 在in文件中...
8.lammps创建data文件教学 LAMMPS包中的数据文件可以使用“write_data”命令生成。通过 LAMMPS 输入脚本生成数据文件后,可以使用“read_data”命令将该文件导入到另一个输入脚本中。 #科研软件 #科研工具 - 科研小然于20240102发布在抖音,已经收获了534个喜欢,来抖音,记
region这个命令默认是拥有 units lattice，因为你没有设置lattice parameter所以会报错。默认情况下你这里...
弱弱的问一句，lammps中 read_data create_atom 能一起用吗？ 有没有人这么用过 ...
To read gzipped data files, you must compile LIGGGHTS(R)-PUBLIC with the -DLAMMPS_GZIP option - see theMaking LIGGGHTS(R)-PUBLICsection of the documentation. Related commands read_dump,read_restart,create_atoms,write_data Default:none
很多同学对于在lammps中直接建出来的模型比较熟悉,直接用建模的region分组即可。 在一对一咨询过程中,发现有不少同学对于其它软件建好并通过read_data读入的模型,就不会分组了,也有同学知道分组方法,但是不会确定分组的region坐标范围,从而导致模拟结果出错。
LAMMPS命令 read_data read_data file keyword args ... keyword:add、offset、shift、extra/*/types、extra/*/per/atom【*为atom/bond/angle/dihedral/improper/bond】、group、nocoeff、fix 通过使用add、offset和shift关键字,可以多次使用此命令将新的原子及其属性添加到现有系统中。以下的细节也包括extra关键字...