在上篇中,我们学习了read_data其中基本命令含义,以及帮助文档中的一小部分。这篇文章将衔接上一篇的末尾继续对帮助文档进行逐字逐句的学习,话不多说开始吧。 二、正文 数据文件中模拟盒子的规范 标题关键词列表三种lammps支持的模拟盒子: orthogonal box = faces are perpendicular to the xyz coordinateaxes restricted...
同样,可以使用delete_atoms命令删除重叠的原子。注意,移位值(Sx、Sy、Sz)也添加到数据文件中的模拟框信息(xlo、xhi、ylo、yhi、zlo、zhi)中,以移动其边界。例如xlo_new = xlo + Sx, xhi_new = xhi + Sx。 extra关键字只能在第一次使用read_data命令时使用。如果您打算稍后使用附加的read_data命令添加新...
read_data filekeyword args... 1. 如果只需要读取一个data文件,直接将文件名写到read_data命令的后面即可: read_dataFe.data 1. read_data命令支持在一个lammps代码中读取多个data文件,将不同的结构组装为一个复杂的体系。 当然,复杂体系的建模也可以在建模软件里面完成,但有些情况下,使用read_data命令会更加灵...
1. 设置read_data命令,额外增加一种原子类型 read_data命令允许在读入data文件时设定是否还需要增加新的原子,如本例需要新增一种原子类型,命令可写为: read_data Cu.lmp extra/atom/types 1 1. 这样就可以正常运行了。 对应的in文件为: read_data Cu.lmp extra/atom/types 1 change_box all z delta 0 50...
8.lammps创建data文件教学 LAMMPS包中的数据文件可以使用“write_data”命令生成。通过 LAMMPS 输入脚本生成数据文件后,可以使用“read_data”命令将该文件导入到另一个输入脚本中。 #科研软件 #科研工具 - 科研小然于20240102发布在抖音,已经收获了534个喜欢,来抖音,记
接下来,使用read_data指令来读取初始状态。之后,我们可以使用fix指令来施加外力,使用run指令来运行模拟。最后,我们可以使用dump指令来输出模拟的结果。 通过以上的步骤,我们可以使用LAMMPS进行一个简单的分子动力学模拟。当然,LAMMPS还有其他更复杂和高级的功能,如并行计算、自定义势能函数等,可以根据具体需求进行学习和...
LAMMPS教程(二)初始条件命令 分子动力学模拟的初始条件主要包括设定粒子的初始位置和初始速度。LAMMPS软件中有丰富的命令可供用户使用。为了帮助初学者快速地掌握粒子初始条件的设定,并且灵活地得到需要的体系,本文详细介绍了命令displace_atoms,delete_atoms,read_data,set,velocity的使用方法和注意事项。
· 0 订阅 专栏介绍 已更内容 自我记录 专栏作者 PureIndigo 知乎影响力 获得48 次赞同 · 11 次喜欢 · 80 次收藏 已更内容 · 3 VMD中自用的常规命令 以下命令直接在VMD的命令行窗口中输入、回车即可实现相关功能读取、输出LAMMPS的data文件:topo readlammpsdata data.*** topo writelammpsdata da… ...
read_data input.data ``` 接下来,我们需要定义一个计算盒子,用于计算XRD。在LAMMPS中,可以使用region命令定义一个计算盒子。例如,我们可以使用以下命令定义一个名为"compute_box"的计算盒子: ``` region compute_box block 0 10 0 10 0 10 units box ``` 然后,我们需要定义一个计算区域,用于指定计算盒子中...