lattice在lammps以两种方式被应用,第一种是利用create_atoms命令在模拟框的晶格格点上创建原子,create_atom命令是给晶格格点上的基原子分配不同的原子类型;第二种是被create_box、region、velocity等命令用作距离单位。 lattice命令需要与模拟维度保持一致,style sc or bcc or fcc or hcp or diamond被用作3D问题,而...
LAMMPS 软件中的“write_datafile”命令用于将分子动力学模拟的配置输出到数据文件。数据文件包含有关模拟框、原子类型、质量和坐标的信息,可用作后续模拟或分析的输入。 科技 软件应用 人工智能 公开课 编程 分子动力学模拟 科研软件 科研工具 lammps 科研学习 ...
LAMMPS中的数据文件可以使用“write_data”命令生成。通过 LAMMPS 输入脚本生成数据文件后,可以使用“read_data”命令将该文件导入到另一个输入脚本中。 发布于 2024-01-02 16:04・IP 属地河南 LAMMPS 科研软件 科研学习 打开知乎App 在「我的页」右上角打开扫一扫 ...
14.LAMMPS分子动力学入门-写入data文件 LAMMPS软件中的“write_datafile”命令用于将分子动力学模拟的配置输出到数据文件。数据文件包含有关模拟框、原子类型、质量和坐标的信息,可用作后续模拟或分析的输入。#分子动力 - 科研小然于20240115发布在抖音,已经收获了513个喜
8.lammps创建data文件教学 LAMMPS包中的数据文件可以使用“write_data”命令生成。通过 LAMMPS 输入脚本生成数据文件后,可以使用“read_data”命令将该文件导入到另一个输入脚本中。 #科研软件 #科研工具 - 科研小然于20240102发布在抖音,已经收获了534个喜欢,来抖音,记
这时候,最简单的方式是使用displace_atoms命令快速移动刀具。 displace_atoms命令语法规则为 displace_atoms group-ID move delx dely delz displace_atoms设置move关键词可实现group组原子在x、y、z方向的坐标值按照增量“delx dely delz”变化,从而实现快速移动。
第一种方式是使用lammps自带的建模命令建模,比如使用region命令划分区域,create_box命令生成模拟盒子,lattcie确定原子晶格常数,create_atoms生成原子。 使用命令行建模比较抽象,建模过程不是“所见即所得”,为了验证所建模型是否符合要求,可以在建模代码的后面使用write_data命令把模型保持为data文件,在lammps中运行in文件,...
这时候可以在弛豫代码后面使用write_restart命令,如:write_restart restart.equil4. read_restart命令:读取文件重启模拟比较简单,使用方法和read_data命令类似:read_restart restart.equil需要注意的是,并不是所有的模拟信息都保存在restart.equil文件中。比如fix命令就需要在新的模拟文件中重新设置,官方手册已经列举的很...
read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的 read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型 ---Potencial---定义粒子相互作用势--- pair_style** 势函数类型 pair_coeff,** 势函数文件名(一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下...
（34）write_data ni.xyz最终的模型如下图所示，中间蓝色层为石墨烯层：在本例中，有两种晶格（Ni和石墨烯），所以用到两次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要确定最近的lattice命令是不是即将要填充的原子。大家可以测试以下两段代码，看看r1，r2内的晶格原子是否相同？#代码...